此类药物其分子结构具有一个有机酸基团和多个醚基团，在溶液中带负电荷，作用机理是与钠、钾、钙、镁等在虫体内起重要作用的阳离子结合成脂溶性络合物，协助阳离子进入虫体内，破坏细胞内外的正常离子平衡，使细胞内外形成渗透压差，大量水分进入，最后导致虫体细胞破裂死亡。这类药物还可通过干扰营养物质穿过细胞膜的运输而发挥作用。细菌学试验表明，当膜外的PH值低于膜内时，糖类的运输就受到抑制。同样由于宿主细胞膜被寄生虫损坏后不能在细胞和肠管之间形成有效的屏障，而产生一个低PH值环境，使寄生虫对糖类的吸收受到限制，从而达到抑制虫体生长发育的目的。自1971年美国批准莫能菌素作为抗球虫剂以来，先后开发应用了莫能菌素、盐霉素、拉沙里霉素、马杜拉霉素、海南霉素等。由于聚醚类抗生素具有很广的抗球虫谱，对鸡的6种球虫都有活性，没有严重的耐药性问题，一直被广泛应用。但此类药物之间有交叉耐药性、有累加作用而无协同作用，与化学合成抗球虫药物无交叉耐药性。
