胚胎对冷却阶段具抵抗力，但是短时间的热应激会导致胚胎畸形，胎位不正或可能会是致命的。不是只让孵化器温度计划按常规发展，谨慎的做法是监控蛋壳温度以防胚胎过热。这可以使用相对便宜的红外线温度计如 Braun Thermoscan来达到效果，该温度计在孵化器所需的温度范围内能准确工作。必须检查蛋赤道上的表面温度，而不是气室的温度。
所有孵化器都有“热点”和“冷点”，且在孵化16-18天检查热点的胚胎没有遭受热应激是很重要的。理想的蛋壳温度为 37.8°C (100°F) ，但是到孵化末期，蛋壳温度增加到38.3°C (101°F)是很正常的，且基本没有影响。但是，蛋壳温度高于这个温度是有害的，且39.4°C (103°F) 以上的温度会对孵化率和鸡雏质量产生有害作用。
