细背孔吸虫呈淡红色，体细长，两端钝圆，大小为2～5毫米×0.65～1.4毫米。只有口吸盘。腹面有3行呈椭圆形或长椭圆形的腹腺。两个分叶状睾丸，左右排列于虫体后部。卵巢分叶，位于两睾丸之间。生殖孔开口于肠分叉后方。虫卵大小为15～21微米×12微米，两端各有1条卵丝，长约0.26毫米。
成虫在宿主肠腔内产卵，卵随粪便排到外界，在适宜的条件下，经3～4天孵出毛蚴。遇到中间宿主圆扁螺后毛蚴钻入其体内，发育为胞蚴、雷蚴和尾蚴。成熟尾蚴在同一螺体内或离开螺体，附着于水生植物上形成囊蚴。禽类因啄食含囊蚴的螺蛳或水生植物而遭感染，童虫附着在盲肠或直肠壁上，约经3周发育为成虫。
