人使用FQNS药物治疗的共同不良反应是胃肠道症状，多在口服时发生，静脉给药也时有发生，主要表现为厌食、恶心(占1.5%～2%)、腹胀、腹泻、呕吐(占3%～5%)，但这些不良反应的发生率存在差异，其平均发生率5%，最高达10%～13.4%。这种反应往往与剂量有关，口服剂量小于600 mg/d，胃肠道反应发生率较低，当剂量大于800 mg/d，则发生率较高。最严重的病例是消化道出血。产生消化系统不良反应的药物排列顺序为环丙沙星>诺氟沙星>氟诺沙星>培氟沙星>氟罗沙星>依诺沙星。
在动物生产上对消化系统的不良反应尤为重要，对革兰氏阴性菌极强的杀菌活性,能破坏胃肠道的菌群交互抑制,轻则影响饲料利用率,降低增重率,严重时可导致一系列严重胃肠道反应,如鸡1次口服诺氟沙星2 g/kg,1 h后便出现采食减少和水样腹泻。据报道,1日龄雏鸡诺氟沙星中毒时引起拉稀，黏膜出血,肝发黄变脆。
