黑颈天鹅喜欢生活在生存着狭叶香蒲、蕉草、灯心草、芦苇、浮萍等水生植物的淡水或稍咸水的沼泽、湖泊和泻湖中，到了旱季就扩散到内陆草地、河口以及沙滩等地活动，有时甚至也栖息于生长着大量海藻的沿海区域，采食岩石上着生的各种藻类。
黑颈天鹅喜欢集群生活，有时也与扁嘴鹅等游禽混合在一起活动，但平时集群的数量不大。它们在湛蓝的天空中，时而舒展双翅，翱翔盘旋，时而如离弦弹矢，俯冲到水面，轻盈至极。在湖面上静静地浮游时，则显得飘然若仙，悠闲自得，千姿百态，如诗如画，令人目不暇接，心动神摇。在非繁殖期和干旱季节，则经常可以见到数千只的黑颈天鹅集群生活在一起，相互之间常常争斗不休。当干旱或水位过高时，常做一定距离的扩散迁飞。
主要在水中生活，游泳时颈部弯曲，头部低垂，姿态极为优雅。飞行时颈部向前伸直，脚伸向后，两翅煽动缓慢而有力。主要采食各种水生植物、海草、藻类及少量水生昆虫、鱼卵和甲壳动物等，在一些地方则专门以某一种水草为主。在觅食的时候，大多选择开阔的浅水地区，不停地将头部和颈部探人水中，取食水面上层丰富的食物，但很少倒立在水中取食。黑颈天鹅的胆量较小，警惕性很高，受惊后一边鸣叫，一边拍打双翅从水面上飞逃。但在平时，它的叫声很弱，听起来就如同喘息声一样，也传不了多远。在自然界中，凤头卡拉鹰是它的主要天敌，
经常捕食它的雏鸟、幼鸟或偷吃巢中的卵。