变温孵化又叫整批孵化，适用于种蛋来源充足情况下所采用的孵化方法。由于鸭蛋大，特别是大型肉鸭种蛋，脂肪含量较高。孵化13天后，代谢热上升较快，如不改变孵化机的温度，会造成孵化机内局部超温而引起胚蛋的死亡。针对不同胚龄的种蛋采取不同的孵化温度，有利于胚胎的生长发育，特别是减少早期和后期胚胎的死亡。
孵化的第1天温度为39~39.5℃，第2天为38.5~39℃，第3天为38~38.5℃，第4~20天37.8℃，第21~25天37.5~37.6℃，第26~28天为37.2~37.3℃。第21天以后多数转入出雏机孵化。采用变温孵化时，应尽量减少机内的温差，另外温度的调整应做到快速而准确，特别是孵化的头三天。
