由于低致病力禽流感感染后往往引起鸡的免疫应答水平低下，机体的抵抗力弱，所以发生一段时间后常伴有大肠杆菌的混合感染，在临床上往往会误认为仅是大肠杆菌感染而只用抗菌素治疗，常常是用药后病情似有好转，但很快又会复发，尽管花费了大量的治疗费用，但效果却不佳。
低致病力禽流感与鸡大肠杆菌病混合感染后，病鸡除了上述禽流感感染的症状与病变外，还常可见到大肠杆菌感染的典型病变。除鸡群在长时间内有零星死亡外，病鸡消瘦，内脏器官有明显的纤维素性渗出物，如纤维素性的心包炎、肝周炎、气囊炎、腹膜炎等。如果是产蛋鸡还常伴有卵泡破裂、腹腔内有卵黄性物质堆积等。
这三种疾病在临床上的共同点是均有典型的呼吸道症状如咳嗽、打喷嚏、罗音、张口伸颈呼吸等，剖检均可见喉头、气管充血出血。非典型鸡新城疫、低致病力禽流感则都有部分病死鸡的肌胃、腺胃粘膜出血。
不同点主要表现在：非典型鸡新城疫一般没有眼睛红肿、流泪、分泌物增多，眼睛失明，胰腺出血坏死；低致病力禽流感则独有胰腺的出血、坏死以及部分鸡跖部磷片出血；而传染性喉气管炎除了呼吸道病变外，一般没有肌胃、腺胃粘膜出血及胰腺坏死等消化道的病变。
由于抗菌素的滥用，大肠杆菌对多种抗菌素产生耐药性，目前，对大肠杆菌疗效较好的药物是丁氨卡那霉素，使用方法为肌肉注射２～３万单位／公斤体重。同时在饲料或饮水中添加治疗禽流感的药物，并接种禽流感灭活疫苗。
总之，对于养鸡场来说，在发生疫病时，在不能确诊的情况下，不要随便下结论，否则不但不能控制
疫情，反而会因用错药而延误治疗时间，造成更大的损失。另外，在平时就应注意环境卫生，做到防患于未然。
