１、首选药物是制霉菌素。据报道治疗曲霉菌病的药物有绿化铜、碘化钾等。笔者曾经用过，但觉得取材不便，疗效也不显著，而制霉菌素取材容易、使用方便、效果比较确实，应当是治疗该病的首选药物。
２、对症用药，讲究方法。发病鸭由于采食量下降，用药时应采取一半药量拌于饲料一半药量饮水，使鸭子能尽早尽快吃到药；药物要搅拌均匀使用。
3、正确剂量是治病的关键。笔者通过对鸡、麻鸭和番鸭间用药量的反复比较后感到：番鸭曲霉菌病对制霉菌素的耐药性要比鸡、麻鸭大得多；若按鸡、麻鸭的剂量来治疗番鸭，则几乎无效。笔者认为：番鸭的用药量应是其它家禽3倍，才能收到满意的效果。
4、切断致病原是巩固疗效的保证。该病主要是畜、禽接触霉菌的分生孢子，经消化道、呼吸道感染而引起的。病原主要是饲料或垫料发霉而产生的分生孢子，故杜绝霉变饲料和发霉垫料，铲除病原，至关重要。
