种鸡场的种蛋消毒对孵化率、健雏率影响较大。
一般来说，种鸡刚产出的种蛋经过泄殖腔时容易被分泌物和排泄物污染，而温度、湿度又很适合，所以细菌繁殖很快。
加上种蛋的贮存时间长(一般为5~7天)，细菌繁殖增生的数量更大，若不消毒则细菌很容易侵入蛋内引起种蛋变质。
在孵化过程中，细菌还会在卵黄囊内增殖，到孵化中后期因受精卵受细菌感染严重而死亡。
带菌雏鸡勉强出壳后，因蛋黄吸收不全，雏鸡脐环呈蓝紫色，卵黄囊壁水肿、腹部膨大，多在2~3日死亡，特别是一些垂直传播的大肠杆菌、沙门氏杆菌会传给后代，生产性能会受到严重影响。
