1、日龄超前化。目前我国市场上的家禽用消毒产品均对球虫无效。常规的空舍消毒程序不能杀灭鸡舍内的球虫卵囊。对球虫卵囊有效的消毒措施是热碱水和酒精喷灯火焰消毒，这样的消毒措施不能进行带鸡消毒，而且由于腐蚀性强和易对器具损坏，在空舍消毒中也很少使用。球虫卵囊的抵抗力很强，在温暖潮湿的季节和地区，卵囊发育很快。因此，鸡舍内球虫卵囊很难清除干净，从而使雏鸡在进入鸡舍第一天起就处于球虫感染的威胁之中。临床上表现为，低于7～9日龄的鸡群就会爆发球虫病。随着肉鸡养殖环境的恶化，低日龄肉鸡发病的现象越来越常见。
2、发病常年化。过去肉鸡的球虫病多发生于温暖潮湿的季节，但目前肉鸡以密闭饲养为主，育雏期温度较高、通风不足导致湿度过高，使球虫病发生的季节性不再明显。
3、感染多重化。肉鸡球虫病容易继发或并发肠道病原菌感染和病毒性疾病，球虫与肠道病原菌相互协同形成肉鸡肠道综合症。
4、症状温和化。肉鸡球虫病的温和型、非典型化感染越来越多，多数情况下不表现明显的临床症状，仅表现采食量降低、出栏时间延长、抗病力较差、饲料报酬低但不出现死亡，没有明显的血便症状。这时养殖户往往不认为鸡群中有球虫存在，等到大面积爆发时采取紧急措施，即使用药物治疗得到控制而损失已经造成了。虽临床症状不明显，但其破坏肉鸡肠道黏膜细胞，影响肠道对营养物质的吸收，导致肉鸡饲料转化率降低、生长缓慢，甚至是进行性消瘦，严重影响养殖效益。
5、耐药普遍化。多年以来，肉鸡球虫病主要依靠药物来控制。由于养殖水平低，缺乏科学的用药指导，导致球虫产生普遍的耐药性。调查发现，在生产中常用的抗球虫药物(球净、地克珠利、氯羟吡啶、球痢灵、盐酸氨丙啉、盐酸氯苯胍、马杜拉霉素、拉沙霉素、盐霉素等)中，一半以上的虫株仅对一种药物敏感，超过80%的虫株对1种或2种药物敏感，而有些虫株对所有药物都不敏感。由此可见，球虫的耐药性已非常普遍，能够选择有效治疗药物的余地越来越小，这也是很多地区球虫病难以控制的主要原因。
