鸵鸟蛋从母体产出时会被泄殖腔排泄物污染，蛋壳上附着很多细菌，随着时间的推移，细菌数量迅速增加，有些细菌可通过蛋壳上的气孔进人蛋内。细菌的繁殖速度与种蛋的清洁度、气温的高低和湿度的高低相关，这对种蛋的孵化会有影响。因此，必须对种蛋进行严格的消毒。
种蛋的消毒方法：种蛋的消毒方法很多，各个场使用的方法也不同，以甲醛熏蒸消毒法为好。此法消毒效果好，操作简便，对种蛋不会造成影响。具体方法是：制作一个种蛋消毒柜，柜中上方设置几层种蛋架，种蛋架通气要好，柜的下方设置放药物的地方。按每立方米用30 毫升甲醛（福尔马林）、15 克高锰酸钾的剂量，在温度20- 25℃的条件下密闭熏蒸18 分钟，一般不应超过20 分钟。采用熏蒸法消毒要注意，甲醛与高锰酸钾反应剧烈，又具有很大的腐蚀性，所以，要用容积较大的陶瓷容器，先加人与甲醛等量的温水，再加高锰酸钾，最后加甲醛。消毒时间到后，要及时排出消毒柜中的烟雾，待种蛋的温度逐渐降至18 ℃ 时，转人贮蛋柜中。如果在消毒前种蛋上有“冒汗”现象（即凝有水珠）时，不能马上熏蒸消毒，要等水珠蒸发后再熏蒸，否则对胚胎有危害。如果发现甲醛与高锰酸钾混合后只冒泡产生小量的烟雾，则说明甲醛失效，需要更换甲醛重新消毒。另外，也可用干净的软布沾0 . 1%的高锰酸钾水擦洗，擦净后再用清水擦洗，并立即用吸水性强的纸或软布把水擦干。对种蛋消毒最好不要直接喷洒药液，以免对种蛋有刺激作用。
