免疫接种是给肉鸭等动物接种抗原(疫苗、菌苗)或免疫血清等生物制品，激发肉鸭体内免疫系统对相应病原体产生特异性抵抗力，使易感动物转化为非易感动物，从而达到保护个体、群体、预防和控制传染病的目的。在预防传染病的各项措施中，免疫接种往往是最经济、最有效、最方便的手段。
肉鸭在不同生长阶段和生存环境条件下，免疫系统产生抗体的能力不同，对各种疾病的抵抗能力显著不同。肉鸭的免疫程序是依据肉鸭在不同生长阶段对疾病抵抗能力的强弱、疾病的发生和流行病学特点制定的，能有效预防疫病的发生。因此必须按照疫病免疫程序为肉鸭接种疫苗。
商品肉鸭首先应根据肉种鸭的免疫情况注射疫苗。可在1日龄注射小鸭病毒性肝炎疫苗，在7～10日龄左右注射禽流感疫苗。在我国南方鸭瘟高发地区，肉鸭（包括肉用的蛋公鸭）应在20日龄左右注射鸭瘟疫苗。另外，建议给肉鸭注射品质良好的传染性浆膜炎疫苗和大肠杆菌病疫苗。
