菌群失调症是肠道内非特异性细菌积聚而导致家禽腹泻和鸡舍垫料潮湿的病症。鸡群的死亡率通常并不会高于正常水平，但是家禽表现出迟钝、昏睡和产生很稀、经常是恶臭的排泄物。通常使饲料转化率减少4-10个百分点，屠宰体重下降30-120g。
鸡菌群失调症的病因尚不清楚。但我们发现盲肠和小肠中包括产气荚膜梭状芽孢杆菌的很多种类的梭状芽孢杆菌的数量都增加。病毒分离结果表明，盲肠和小肠中也存在很多种病毒，如呼肠孤病毒、传染性支气管炎变异株病毒和传染性法氏囊病病毒。
患菌群失调症的鸡宰后发现肠稍有臌气，肠道内容物呈水样，十二指肠内侧有很多组织碎片和黄色的粘液，肝脏出现轻微的黄疸，可能是胆管被梭状芽孢杆菌堵塞引起的。
鸡群的饮水量通常会增加，有时在垫料变潮前饮水量会增加。这使得养殖场管理人员和兽医更精确地预测垫料变潮的开始时间而尽早采取预防措施。
