1球虫病的诊断不能单纯根据粪便检查是否发现卵囊而确诊，粪便检查发现卵囊仅能作为参考，不能作为惟一的或重要的确诊依据。其原因是急性球虫病的临床表现明显时，粪便检查不一定能发现卵囊，而要到感染的第5～7天才能发现卵囊;更重要的一方面是由于雏鸡和成鸡的带虫现象极为普遍。
2球虫病的正确诊断应根据粪便检查、临床症状、流行病学材料的分析，结合病理变化等多方面的情况综合判定。
流行病学诊断
根据发病季节、发病的鸡龄、病原的来源和感染的环境及程度，以及饲料饮水和污染程度、管理状况等，进行分析判断。
临床表现根据粪便性状、血便程度、饮食状况、精神状态，以及神经状况等进行判断。
剖检变化根据肠管黏膜的炎症变化、出血变化、肠腔内容物性状变化、其他脏器的病理变化等进行判断。
病原体检查通过粪便检查发现卵囊或肠管病变部刮取物检查，发现大量卵囊或发育中的虫体来诊断。
