长期以来低程度的选育和粗放的饲养管理使土鸡形成了疾病少、耐粗饲的特点，再加上土鸡大多数采用的是“四园”（果园、茶园、桑园、竹园）散养，环境远离污染，利于防病。但因为土鸡的饲养周期较长，加上长期放牧于野外，接触病原体的机会增加，有时还会遇上“四园”作物喷施农药引起土鸡农药中毒，所以散养鸡的防疫不容忽视。除加强日常管理，如严格消毒、隔离饲养以消灭部分疾病外，药物预防不失为一条好途径。
一、传染性氏囊炎防疫
（１）种鸡产蛋前没有接种过法氏囊疫苗或接种油苗半年后没有再次接种的，其后代在５日龄时应用弱毒苗滴口；如果种鸡在接种弱毒苗的同时皮下注射油苗０．２毫升／只，那么在土鸡１５日龄、３２日龄时就不用再防疫。
（２）如果种鸡接种后半年又进行了接种，其后代在１４日龄时可用弱毒苗滴口。如果种鸡在接种弱毒苗的同时每只用油苗０．２毫升皮下注射，土鸡在２４日龄时就不用再防疫。
（３）在法氏囊炎暴发区，鸡１日龄时用高免蛋黄饮水，５日龄、１５日龄、３２日龄时各免疫一次效果更好。
（４）商品鸡１日龄、７日龄、１４日龄、２１日龄时用高免蛋黄饮水，日后可以不用防疫。
二禽流感预防
鸡２０日龄和１２０日龄、产蛋半年或快进入流感高发期、上次接种类减蛋油苗半年后每只用类减蛋油苗０．５毫升肌注接种一次。
三 鸡痘预防
鸡１５～３５日龄、９０～１４０日龄时各刺种一次禽痘疫苗，４～５天后刺苗处结痂表明有效，保护率一般在１００％。
对土鸡的寄生虫病，惟有改善饲养环境，加强营养及饲养工具的消毒才是最有效的预防途径。
