由于禽类的免疫抑制性疾病往往并不表现特殊的临床症状，甚至常常以其它疾病的形式表现出来(如大肠杆菌病、生长发育迟缓等)，因此它的存在和危害通常得不到应有的重视。对于家禽的免疫抑制性疾病，单靠片面孤立的手段难以奏效，只能采取综合防制措施。
1 加强家禽的饲养管理 加强家禽的饲养环境控制，最大限度地减少养禽场内的病原微生物。降低各种应激因素，很多应激因素都可诱发、促进家禽免疫抑制性疾病的发生或加重发病家禽的病情，导致死亡率上升。因此，应尽可能减少家禽的各种应激因素，避免饲喂发霉变质、含重金属、工业化学物质以及含有霉菌毒素的饲料，同时做好禽舍的通风换气工作，保持禽舍干燥，降低禽群饲养密度。
2 注意家禽的营养水平 注意家禽的营养水平，提高自身免疫力。由于免疫抑制性疾病可导致家禽的免疫功能下降，因此营养是影响免疫性疾病的重要因素之一。提高饲料质量，保证免疫产生抗体和细胞因子所需的蛋白质，通过提高家禽的蛋白质、氨基酸、维生素和微量元素等水平，避免家禽营养不良或患有慢性营养消耗性疾病所导致的免疫反应低下，对疫苗免疫应答降低，抗体产生也低的情况。
3 建立规模化养禽场的生物安全体系 采用生物安全措施饲养家禽，即采用全进全出的方法来切断病原在养禽场(户)内的传播，通过严格制度将病原拒之门外，每一养禽场(户)尽量只养单一品种禽类。为了发挥“全进全出”的作用，可采用分段饲养法，将雏禽、青年禽、育肥禽和种禽分别饲养在不同的禽场，这样既可缩短全场消毒的时间，又有利于防止家禽发病。日常应将消毒卫生工作贯穿于养禽生产的各个环节，尽最大可能降低禽场内的病原微生物，减少或杜绝禽群继发感染的机率。
4 适当应用药物控制继发感染 鉴于一些家禽免疫抑制性疾病感染对免疫功能的损害，易引起一些细菌性疾病的继发感染，因此在饲料中(如育雏阶段)添加一些抗菌药物(但禁用一些可能引起免疫抑制的药物)以防制禽群的细菌性继发感染。
