近10多年来，我国新兽药的研究与开发取得了显著成绩，为维护畜牧业的持续、稳定、健康发展做出了突出贡献。但在新兽药研究与开发中仍存在一些亟待解决的问题。
认真学习国家有关法律法规
研究单位或研究人员在选择研究项目和研究内容时，不能违背国家有关的法律法规及相关规定
现在有些研究单位或研究人员只注重研究工作，而对国家相关的法律法规及相关规定不熟悉、不掌握，从而走了很多弯路，造成许多不必要的浪费。如现在我国有关部门曾多次发文，严令禁止将激素样作用的物质作为动物促生长剂。但有些单位却投入大量的人力、财力、物力进行这类药物的研究与开发。这不符合国家兽药行业的产业政策，即使研究开发出来，国家也不会批准使用，从而造成人、财、物的严重浪费，使本来就很紧张的科研经费更加紧张。
面对市场进行开发研究
新产品的研究与开发应有明确的目的性
在计划经济时，研究单位和研究人员只是根据自已的研究方向，在自已熟悉的研究领域内选择研究项目，或者只是为了报成果、评奖而选择项目。这样的成果缺乏实用性，很难转化为生产力，从而造成研究环节和生产环节严重脱节的现象。所以，近几年，我国的研究成果不少、评奖不少，而成果的转化率则很低。随着计划经济向市场经济的转变，如何选择研究项目，对研究人员提出了更高的、全新要求，要求研究人员面对市场进行开发研究，只有在市场中找项目，才能解决研究与生产脱节的现象，才能提高成果的转化率。
新兽药研究与开发注重创造性
新兽药的研究与开发应有一定的创造性，不应只停留在仿制或抄袭的水平上
目前，我国的兽用原料药大都是仿制产品，自己研制的很少，仿制产品的比较效益相对较低。还有，如果一种新兽药在国内上市，如果有市场、有效益，马上就会有多家单位进行仿制，不久假冒伪劣产品就会充斥整个市场，使正规产品的效益下降，研究人员多年的心血得不到应有的回报，这严重挫伤了一部分研究人员的积极性。可见，我国新兽药的保护制度还应在实践中不断完善，国家有关部门也应采取有力措施，坚决打击假冒伪劣产品，切实保护研究人员和研究单位的合法利益。
加强部门之间的横向联系
研究单位之间应加强相互联系无论是国家级的研究单位，还是地方的研究单位，都有其自身的优势和劣势。如有些单位在药物合成方面有优势，有些单位在药理、制剂等方面有优势，这就要求各单位之间加强联系，集中优势进行攻关研究，这样才有可能出成果。否则，只能在低水平上重复研究。同时，研究单位、教学单位和企业之间也应采取不同的方式加强联合，充分发挥各自的优势和积极性，使产学研有效地结合起来。