鸡舍消毒不单指用化学消毒药泼洒鸡舍，根据消毒对象不同，有不同的消毒方法。具体的消毒对象有畜禽及其排泄物、分泌物；污染源经过的道路，停留过的场地、圈舍，污染的用具、食槽；发病及死亡鸡只；运输疫禽的车辆等交通工具；工作人员衣帽、手套、胶鞋；疫情检验的实验设备等。
物理消毒法：
⑴清扫冲洗：鸡舍、环境中存在的粪便、污物等，用清洁工具进行清除，不仅能除掉大量肉眼可见的污物，并能清除许多肉眼看不见的病原微生物，而且也提高使用化学消毒法的效果创造了条件。
⑵通风干燥：通风虽不能杀灭病原微生物，但可在短期内使舍内空气交换，减少病原微生物的数量。同时，通风能加快水分蒸发，使物体干燥，缺乏水分，致使许多微生物不能生存。
⑶紫外线照射：紫外线能使微生物体内的原生质发生光化学作用，使其体内蛋白质凝固，从而达到杀死病原微生物的作用。包括紫外线灯的照射、太阳曝晒。
⑷火焰喷射：从专用的火焰喷射消毒器中喷出的火焰具有很高的温度，能有效杀死病原微生物。常用于金属的笼具、水泥地面、砖墙的消毒。
⑸烘箱内干热消毒、高压蒸汽湿热消毒、煮沸消毒等，主要用于衣物、注射器等的消毒。
化学消毒法：利用化学消毒药影响病原微生物的化学组成、形态、生理活动从而达到抑菌和杀菌的目的。
⑴喷雾法或泼洒法：将消毒药配制成一定浓度的溶液，用喷雾器对需要消毒的地方进行喷雾消毒，或直接将消毒药泼洒到需要消毒的地方，如带鸡消毒。
⑵擦拭法：用布块浸沾消毒药液，擦拭被消毒的物体。如对笼具的擦试消毒。
⑶浸泡法：将被消毒的物品浸泡于消毒药液内，如食槽、生产工具的消毒。
⑷熏蒸法：常用的有福尔马林配合高锰酸钾对密闭的鸡舍进行熏蒸消毒。
生物消毒法：对生产中产生的大量粪便、粪污水、垃圾及杂草进行发酵，利用发酵过程所产生热量杀灭其中的病原微生物。发酵可产生70℃以上的温度，能杀灭无芽胞菌、寄生虫卵、病毒等。在场区内适度种植花草树木，也具有减少生产环境中病原微生物数量的作用。
