鸡球虫病主要是由艾美尔属球虫中的9种球虫（危害较大的是堆型、柔嫩、巨型、毒害、布氏5种艾美尔球虫）寄生于鸡肠管上皮细胞所致。
寄生于盲肠致病的为柔嫩艾美尔球虫（又称脆弱艾美尔球虫），雏鸡常见。寄生于小肠前段致病的为堆型、哈氏、变位、和缓、早熟艾美尔球虫；寄生于小肠中段致病的为巨型和毒害艾美尔球虫；寄生于小肠后段、直肠和盲肠近端部致病的为布氏艾美尔球虫，青年鸡易感染小肠球虫病。
一般为两种以上球虫混合感染。病鸡和球虫病携带者是发病群体的来源。维生素A和维生素K缺乏，圈舍潮湿，空气质量差，鸡群过于拥挤，环境卫生差，饲养管理不当等为本病发生的诱因。另外，本病的发生与马立克氏病有密切关系，两者能相互促使发病率和死亡率增高。
本病唯一感染途径是消化道，主要是雏鸡食入球虫孢子化卵囊而感染致病。饲料、饮水、尘埃、垫料为传染媒介。野禽、昆虫及饲养员、工具亦能机械传播本病。
