配合饲料在贮藏期间因水分、温度、湿度、虫害、鼠害、微生物等因素而受损，因此要采取相应的措施以避免其危害。
1、 水分和湿度
配合饲料的水分一般要求在12%以下。配合饲料在贮藏期间必须保持干燥，包装要用双层袋，内用不透气的塑料袋，外用纺织袋包装。贮藏仓库应干燥，通风。仓内堆放，地面要铺垫防潮物，一般在地面上铺一层经过清洁消毒的稻壳、麦麸或秸秆，再在上面铺草席或竹席，即可堆放配合饲料。
2、 虫害和鼠害
为避免虫害和鼠害，在贮藏之前，应彻底清楚仓库内壁、夹缝及死角，堵塞墙角漏洞，并进行密封熏蒸处理，以减少虫害和鼠害。
3、 温度
温度对贮藏饲料的影响较大，温度低于10℃时，霉菌生长缓慢，高于30℃则生长迅速，使饲料质量迅速变坏；饲料中不饱和脂肪酸在温度高、湿度大的情况下，也容易氧化变质。因此配合饲料应贮藏于低温通风处。库房应具有防热性能，防止日光辐射热的透入，仓顶要加隔热层；墙壁涂成白色，以减少吸热；仓库周围可种树遮荫，以避日光照射，缩短日晒时间。
