即使是刚从鸡体生出来的蛋，蛋壳上也可能有细菌，当蛋放在垫料或地面上，也容易被污染而带菌，这些细菌在壳上很容易繁殖，若不进行消毒，细苗（特别是霉菌）繁殖过多，侵袭蛋内，就会影响孵化效果，并可能将疾病传播给雏鸡。尤其是雏鸡白痢病，危害很大，因此蛋的消毒非常重要。
1、新洁尔灭消毒法
可用5％的新洁尔灭原液，加水配制成0.1％的溶液，用喷雾器喷洒在种蛋表面即可。
2、漂白粉液消毒法
将种蛋浸入含有活性氯的1.5％的漂白粉液中3分钟，取出沥干后即可装箱。值得注意的是：使用此法，必须在通风处进行。
3、碘液消毒法
将种蛋置于0.1％的碘液中浸泡30秒～60秒，取出沥干装盘。碘溶液的配制方法：碘片10g，磺化钾15g，二者同溶于1000ml的清水中，然后再倒入9000ml的清水中即可。浸泡种蛋10次后，溶液中的碘浓度会降低，如需再用，则可延长浸泡时间至90秒，或者添加新配制的溶液。
4、福尔马林（甲醛溶液）消毒法
用甲醛溶液与高锰酸钾混合熏蒸消毒种蛋和孵化机。每立方米用5克高锰酸钾加30毫升的福尔马林。这种熏蒸消毒法，可以同时消毒种蛋和电孵机，方法简单，对病毒和支原体的消毒效果显著。
5、土霉素消毒法
将种蛋放入预先配好的土霉素盐酸盐水溶液中浸泡15分钟。药液浓度为万分之五（即1公斤水放0．5克土霉素盐酸盐），溶液的温度为4℃。如温度高时，可用冰块放入溶液内降温至4℃时，再将种蛋放入浸泡，15分钟后取出在孵化室内放置1~2分钟，当表面不太湿时，放回电孵机内继续孵化。这种方法对支原体的消毒效果显著。
6、高锰酸钾（灰锰氧）消毒法
高锰酸钾为黑紫色结晶，有金属光泽，易溶于水。消毒种蛋时用千分之五的高锰酸钾溶液浸泡种蛋1分钟，取出沥干后装盘即可。
