药用辅料的纯度直接影响药物制剂的质量、稳定性和安全性。杂质的存在会改变辅料的吸湿功能，可能导致吸潮、结块、流动性差，与药物不易混合均匀，从而影响药品的质量。另外，有些辅料杂质结构不明确，可能与药物有物理、化学和药理方面的配伍变化禁忌或本身存在着安全隐患，从而影响药品的稳定性、有效性和安全性。
“实际上药用辅料和工业辅料之间质量的差别主要体现在纯度上，‘齐二药’事件里的辅料丙二醇就是因为纯度不高，出现那么严重的后果。”中国药科大学教授吴正红指出，由于辅料与药品的活性成分一样经过人体的整个代谢过程，辅料的杂质对药品质量有很大影响。目前，国内部分药用辅料生产企业的研发能力不强，再加上近年来化工类、食品类企业纷纷参与药用辅料市场的激烈竞争，导致许多企业为压缩成本，降低一些辅料的纯度，从而引发质量问题。更重要的是，许多药品生产企业没有真正认识到辅料对制剂质量的重要作用，只看价格，不顾质量，为降低成本，用工业辅料代替药用辅料，为公众用药安全埋下巨大隐患。
国家食品药品监督管理局药品审评中心抗感染A项目负责人张哲峰介绍说，在药用辅料生产过程中，由于部分生产企业的合成工艺等质量控制环节出现问题，很难保证生产出高纯度的产品，一些品种中会出现一种或几种特定的杂质。如聚乙烯吡咯烷酮（PVP）、苯甲酸、聚乙二醇（PEG）、吐温类辅料中经常出现的杂质是过氧化物；硬脂酸镁、聚乙二醇（PEG）、不挥发油中会含有抗氧化剂；乳糖中则含残存蛋白、醛和还原糖；苯甲醇中含苯甲醛；纤维素中含木质素和半纤维素；聚乙二醇（PEG）中含醛、过氧化物和有机酸等等。这些辅料中的杂质对药品质量的影响显而易见，如度洛西汀片，包衣材料羟丙甲纤维素乙酰琥珀酸盐中的痕量杂质（游离琥珀酸）与原料药发生相互作用可产生新的杂质——N-琥珀酰度洛西汀，这种杂质直接影响度洛西汀片的质量。
“一般来说，药用辅料是化学惰性的，并通过实验证明在医学上也是非活性的。而辅料中有的杂质未必是非活性物质，有可能对制剂的安全性产生影响。”合肥立方制药有限公司药物研究所所长陈军表示，杂质本身在使用环境下会产生不确定的药理作用，从而给产品的安全性带来隐患。同时，杂质间还会相互发生化学反应，产生不确定的新杂质，这些新的杂质进一步与药物或杂质再发生新的作用，加剧产品的安全隐患。有些辅料品种的杂质直接对人体健康构成威胁，如卵磷脂中的溶血磷脂、乳糖中的残存蛋白、吐温中的环氧乙烷和维生素c抗氧剂被氧化后的毒性杂质等。
此外，药用辅料中的杂质对药品稳定性的影响也不可忽视。张哲峰指出，因为药用辅料中的杂质不能保证其化学惰性，有可能在药物的生产制备以及储存过程中与药物本身发生化学反应，消耗药物并生成新的杂质，从而影响产品的稳定性。比如，一旦聚乙烯吡咯烷酮含有过氧化物，在四环素类抗生素制剂中使用时，由于过氧化物引发了氧化反应，就会导致制剂中的氧化产物明显增加；由于缩合反应引发的相互作用，痕量乙醛杂质可导致含氨基团药物稳定性变差。
“原料、生产工艺、生产过程的控制等都会影响到药用辅料杂质的产生，必须在稳定成熟的生产工艺基础上，严把原料质量关，严控生产过程，科学制定并严格执行产品质量标准，才能够保证产品的质量。”在谈到如何控制药用辅料的杂质时，陈军强调，首先是完善现有药用辅料的标准体系，健全药用辅料的质量评价体系；其次是建立辅料生产企业与大学、科研单位、药品生产企业的综合技术应用平台，共同研究和探索新辅料开发应用与质量控制等课题；第三是加强辅料生产过程工艺参数的监控、生产现场检查和生产原始物料的可追溯性检查。