畜禽引种不当会带入许多传染病和寄生虫病，造成疫病的传播蔓延，给畜禽饲养业造成重大的经济损失，所以畜禽引种时遵循防疫原则。
一、禁止从疫区引种。疫区是指正在发生某种传染病的地区。由于某种疫病的流行，很可能使处于该地区内的畜禽场受到感染。从这种地区内的畜禽场引种具有很大的风险，因为种畜、种禽、种蛋、包装与运输工具等都有携带病原体的可能。在国内某区域内跨省、市引种要有准入证，引种前，加强对某些疫病传播和流行的控制。
二、引种要有健全的手续。根据我国种畜禽管理条例的要求，畜禽运输也应有供种场所在地出具的检疫证明。
三、引种后的隔离观察。直接从异地引进畜禽、种蛋时很容易将疫区的疾病带来，因为有的疾病有一个比较长的潜伏期，在购买畜禽时其外观是正常的，但是有可能在购买后一周或数周才出现症状。因此，在引种后进行隔离观察是非常必要的。引进的畜禽在隔离观察期间必须保证与外界严格隔离，每天对生产环境进行消毒，防止潜在疫情扩散。对于各种饲养管理和卫生防疫记录必须保证完整和真实。
