化学性配伍禁忌即某些药物配合在一起会发生化学反应，不但改变了药物的性状，更重要的是使药物减效、失效或毒性增强，甚至引起燃烧或爆炸等，化学性配伍禁忌常见的外观现象有变色、产气、沉淀、水解、燃烧或爆炸等。
变色 主要由于药物间发生化学变化或受光、空气影响而引起，变色可影响药效，甚至完全失效。易引起变色的药物有碱类、亚硝酸盐类和高铁盐类，如碱类药物可使芦荟产生绿色或红色荧光，可使大黄变成深红色；碘及其制剂与鞣酸配合会发生脱色，与淀粉类药物配合则呈蓝色；高铁盐可使鞣酸变成蓝色。
产气 指在配制过程中或配制后放出气体，产生的气体可冲开瓶塞使药物喷出，药效会发生改变，甚至发生容器爆炸等。如碳酸氢钠与稀盐酸配伍，就会发生中和反应产生二氧化碳气体。
沉淀 由两种或两种以上药物溶液配伍时，产生1种或多种不溶性溶质，如氯化钙与碳酸氢钠溶液配伍，则形成难溶性碳酸钙而出现沉淀；弱酸强碱与水杨酸钠溶液、磺胺嘧啶钠溶液等与盐酸配伍，则生成难溶于水的水杨酸和磺胺嘧啶而产生沉淀；如生物碱类的水溶液遇碱性药物、鞣酸类、重金属、磺化物与溴化物，也产生沉淀等。
水解 某些药物在水溶液中容易发生水解而失效，如青霉素在水中易水解为青霉二酸，其作用丧失。
燃烧或爆炸 多由强氧化剂与强还原剂配伍所引起，如高锰酸钾与甘油、甘油和硝酸混合或一起研磨时，均易发生不同的燃烧或爆炸，常用的强氧化剂有高锰酸钾、过氧化氢、漂白粉、氯化钾、浓硫酸、浓硝酸等；常用的还原剂有各种有机物、活性炭、硫化物、碘化物、磷、甘油、蔗糖等。