养殖场不仅仅要搞好防疫。还要特别重视消毒。因为打防疫针不可能所有的病都能预防。有的虽然免疫注射了，但还不能达到100%的免疫效果，一旦场区和畜舍的某种病毒细菌大量繁殖，就容易爆发某种疫病。养殖场消毒的主要目的是杀灭传染源的病原体，防止疫病蔓延流行。
消毒前应先将可拆除的用具运至舍外清扫、浸泡、冲洗、刷刮，并反复消毒，舍内从屋顶、墙壁、门窗，直至地面和粪池、水沟等按顺序认真清理和冲刷干净，然后再进行消毒。
利用药物给养殖场消毒时，应根据药物特性及消毒对象选用合适的药物。现将养殖场常用消毒药物的特性介绍如下：
碱类消毒药：包括氢氧化钠（烧碱）、生石灰及草木灰等，它们对病原菌有杀灭作用。
1.氢氧化钠对纺织品及金属制品有腐蚀性，故不宜对以上物品进行消毒，而且对于其他设备、用具，在用烧碱消毒半天后要用清水洗净，以免烧伤畜禽的蹄部或皮肤。
2.生石灰溶于水后会变成氢氧化钙，同时会产生热量。通常将生石灰配成10—20%的溶液，用于畜禽养殖场的地板或墙壁消毒。另外，生石灰也可用于病死畜禽的无害化处理，其方法是在掩埋病死畜禽时，先撒上生石灰粉，然后盖上泥土，这样就能有效杀灭病原菌。
强氧化剂型消毒药：常用的消毒药物有过氧乙酸及高锰酸钾等，它们对细菌、芽孢和真菌有强烈的杀灭作用。
1.过氧乙酸：可配成0.2—0.5%的浓度，对畜禽栏舍、饲料槽、用具、车辆、食品车间地面及墙壁进行喷雾消毒。也可进行带畜禽消毒，但要注意现配现用，因为它容易氧化。
2.高锰酸钾：是一种强氧化剂，遇到有机物即起氧化作用，不仅可以消毒，还可以除臭，常配成0.1%的水溶液供畜禽饮用，来治疗畜禽胃肠道疾病；0.5%的溶液可以消毒皮肤、黏膜和创口，用于洗胃可以促使毒物氧化分解；4%的溶液通常用于消毒饲料槽及用具，杀菌效果比较显著。高锰酸钾高浓度水溶液对畜禽组织有刺激性和腐蚀性，使用时应注意。
3.新洁尔灭：这是一种阳离子表面活性剂型的消毒药，既有清洁作用，又有抗菌消毒效果，其特点是对畜禽组织无刺激性、作用快、毒性小，对金属及橡胶均无腐蚀性，但价格较高。0.1%的溶液可用于器械用具的消毒，0.5—1%的溶液可用于手术时的局部消毒，但要避免与阴离子活性剂（如肥皂等）共用，否则会降低消毒杀菌效果。
有机氯消毒剂：包括消杀灵、菌素净及漂白粉等。它们能够杀灭细菌、芽孢、病毒及真菌，杀菌作用强，但药效持续时间不长。主要用于畜禽栏舍、栏槽及车辆等的消毒。另外，漂白粉可用于饮水消毒，但氯制剂具有腐蚀金属、久贮易失效等缺点。
复合酚：其商品名又叫消毒灵、农乐等，可以杀灭细菌、病毒和霉菌，对多种寄生虫卵也有杀灭效果。主要用于畜禽栏舍、设备器械、场地的消毒，杀菌作用强，通常施药1次后，药效可维持5-7天。但要注意不能与碱性药物或其他消毒药混合使用。
双链季胺盐类消毒药：如百毒杀，它是一种新型消毒药，具有性质稳定、安全性好、无刺激性和腐蚀性等特点，能够迅速杀灭各种致病微生物，药效持续时间约为10天，适用于饲养场地、栏舍、用具、饮水器、车辆、孵化机及种蛋的消毒，也可用于对存有活畜禽场地的消毒。
使用药物消毒，不要长期单一使用同一种类的消毒剂。
