消毒是贯彻“预防为主”的一项重要措施，科学的消毒是切断疫病传播途径、杀灭或消除病原体，从源头上控制传染病发生的最有效方法，在国内外动物疫病流行日益严重的今天，消毒工作显得尤为重要。消毒分机械性清除法、物理消毒法和化学消毒法。
1.机械性清除法
用机械的方法对畜禽舍地面进行清扫和洗刷，对畜体被毛进行刷洗。将畜禽舍内的粪便、垫草、饲料残渣清除干净，并将家畜体表的污物去掉。随着这些污物的清除，大量的病原体也被清除。在清除之前，应根据畜禽舍的环境是否干燥，病原体危害性大小，决定是否需要先用清水或某些化学消毒剂喷洒，以免清扫时尘土飞扬，造成病原体散播，影响人畜健康。清扫出来的污物，要根据病原体的性质，进行堆沤发酵、掩埋、焚烧或用其他药物处理。清扫后的畜禽舍地面还需要喷洒化学消毒药或用其他方法，才能将残留的病原体消灭干净。
2. 物理消毒法
①阳光消毒法。阳光是天然的消毒剂，其光谱中的紫外线有较强的杀菌能力，阳光的灼热和蒸发水分引起的干燥也有杀菌作用。一般的病毒和非芽胞性病原菌，在直射的阳光下反复暴晒，也可以变弱或杀灭。利用阳光消毒要灵活掌握，并配合其他方法进行。
②紫外线消毒法。革兰氏阴性细菌对紫外线消毒最为敏感，革兰氏阳性菌次之，一些病毒也对紫外线敏感，但紫外线消毒只对表面光滑的物体有较好的消毒效果，对细胞芽胞消毒无效。
③火焰消毒法。当发生抵抗力强的病原体引起的传染病时，畜禽的粪便、垫草、饲料残渣、污染的垃圾和其他价值不大的物品，以及死亡的畜禽尸体，均可以用火焰加以焚烧。不易燃的畜禽舍地面、墙壁可用喷火消毒。金属制品的铁笼、栏门等可用火焰烧灼和烘烤进行消毒。
3. 化学消毒法
①碱类：氢氧化钠（烧碱）对细菌和病毒均有强大的杀灭力，而且价廉、稳定性好，能迅速渗入畜禽栏缝及粪尿等有机物中，具有膨胀、去污作用，一般清洗栏舍、饲槽等时，可用碱水淋湿浸泡后再冲洗，亦可加在大门口人、车进出的大水池、畜禽舍门口的踏脚槽中。因其腐蚀性强，需空栏使用；生石灰也是一种价廉的碱性消毒剂，具有吸湿、除臭、杀菌的功能，多使用在易潮湿的畜禽舍栏的死角位置，畜禽舍门口的踏脚或掩埋死尸时覆盖杀菌等；另以1份生石灰，加5份水，配作石灰乳，可用于消毒粪尿及污水等，有除臭及干涸的效果。
②酚类：此类消毒剂属石油化学的附属品，如煤馏油酚（克辽林）、煤酚皂溶液（来苏儿）等，有特殊的气味，渗透力强，价廉，不受有机物的影响，对一般的霉菌、细菌有一定的杀灭效果。但对病毒、梭菌的芽孢杀灭力不强,且具有腐蚀性和刺激性。一般适用与门口、水泥、砖砌的畜舍空栏、水沟及堆粪场的消毒。
③醛类：常用的醛类消毒剂有甲醛与戊二醛。甲醛具有极强的杀菌作用，与氧化剂结合后所产生的气体作熏蒸消毒，是密闭型腾空畜舍的最佳消毒剂。但刺激气味大，对皮肤、黏膜刺激强烈，多用于浸泡、熏蒸消毒；戊二醛气味较小，杀菌作用是甲醛的2～10倍，渗透力强，对任何细菌、病毒、霉菌及顽固的芽孢等有杀灭作用，但对碳钢制品有一定的损害。
④季铵盐类：季铵盐类消毒剂是一种离子表面活性剂，属于合成的有机化合物，有单链季铵盐（如苯扎氯铵---洁尔灭、苯扎溴铵---新洁尔灭等）和双链季铵盐（如百毒杀等），单链季铵盐属阳离子表面活性剂，在阳离子部位具有杀菌能力，无刺鼻味、药性温和、安定性高、腐蚀性低，对畜禽伤害小，对细菌病毒杀灭力效果较好，但渗透力差，有机物存在时，效力会大打折扣。双链季铵盐在阴、阳离子部位均具有杀菌能力，具有单链季铵盐的一系列优点，且杀菌能力较单链季铵盐强，但渗透力差。此类消毒剂可用于带畜消毒，亦可用于畜禽舍空栏、洗手、用具、运输车辆、进出口踏脚槽等的消毒。
⑤卤素类：此类消毒剂主要包括两类制品：a.含氯制剂，即漂白粉、二氧化氯，次氯酸钠等，如强力消毒灵、消特灵等。该类消毒剂杀菌广谱，对细菌繁殖体、病毒、真菌孢子及细菌芽孢都有杀灭作用，但挥发性大，有氯气味，对黏膜有刺激性，一般都不宜久存。可用于饮水消毒，亦可用于畜禽舍、用具、运输车辆、洗手等的消毒。b.含碘制剂，碘、碘伏等，如市场销售的百菌消、碘伏-10等。此类消毒剂杀菌谱广，对细菌芽孢、病毒、原虫、霉菌等的杀灭效果佳。
⑥过氧乙酸类：过氧乙酸、过氧化氢与臭氧为国内常见的过氧化物类消毒剂。其中过氧乙酸的杀菌能力最强，使用最广泛。该类消毒剂杀菌谱广，对细菌芽孢、病毒、霉菌等的杀灭效果佳，但有刺激性气味，易挥发，有机物存在可降低其杀菌效果，对畜禽栏舍有一定的腐蚀性。常用于浸泡、喷洒、擦抹、喷雾等的消毒，也可用于空栏消毒。
