使用活菌剂获得理想效果的关键是动物食入活菌的数量。一般认为，每克日粮中活菌(或孢子)数以2×(105～106)个为佳，所以，活菌制剂的稳定性、饲料成分、饲料加工、储存条件和时间等一切影响微生物活性的因素都会影响活菌制剂的添加效果。一般说来，芽孢杆菌(孢子制剂)对各种不良环境有很好的抵抗力，无芽孢的乳酸菌群在饲料加工及储存过程中易被破坏、失活，特别是制粒过程中，除孢子制剂外，其他菌的成活率都很低，因此，使用时应注意产品的有效期，避免与其不相容的抗菌药和化学物品同时使用。制剂应保存在低温、干燥、避光条件下，以保证动物食入足够的活菌。
尽管有的活体微生物制剂在正常情况下也有一定的添加效果，但在消化道内环境不稳、抗病力差的幼畜和营养水平低、卫生条件差及各种应激状态动物饲料中使用效果显著。
不同微生物菌株与动物及其消化道内特定微生物区系的相互关系有一定特异性，应用于某种动物的制剂不宜用于其他动物。
活菌剂与抗生素、抗菌药物的并用，须视相容性而定，未了解其相容性前，不应并用。研究显示，在使用活菌剂前使用某些抗生素消除动物消化道内杂菌，可取得较好的效果。
