禽流感与新城疫的鉴别诊断：由于典型禽流感在临诊症状和病理变化上与新城疫十分相似，因此极易混淆。其实，它们之间也存在着一些差异：新城疫患鸡一般不出现肿头；冠和肉髯不出现紫黑色出血斑，跖部鳞片没有出血；胰腺一般不会出现明显坏死；皮下一般也没有胶冻样浸润等。
禽流感与传染性喉气管炎的鉴别诊断：典型的禽流感出现的呼吸困难，以及喉头、气管处出现的充血出血等方面与传染性喉气管炎相似，但传染性喉气管炎患鸡一般不出现肿头；皮下不出现胶冻样浸润；冠和肉髯不出现紫黑色出血斑；腺胃乳头、肌胃出血等现象也少见，出现胰腺坏死的机率也较低。
禽流感与肿头综合症鉴别诊断：肿头综合征与典型的禽流感在肿头和皮下胶冻样浸润上是相似的，但肿头综合征一般没有类似于禽流感患鸡在冠和肉髯边缘出现紫黑色坏死斑点、后肢跖部鳞片下出现紫黑色出血、腺胃肌胃出血、胰腺坏死等病理变化。
禽流感与减蛋综合征鉴别诊断：减蛋综合征除了减蛋与禽流感相似外，一般也不出现禽流感的肿头、冠和肉髯边缘出现紫黑色坏死斑点、后肢跖部鳞片下出现紫黑色出血、腺胃肌胃出血、胰腺坏死，以及出现纤维素性腹膜炎等病理变化。
