有关单位在一次针对国内医药行业企业知识产权保护现状的调查中发现，这些企业普遍存在创新和专利人才严重缺乏，资金投入分散、不足，专利与企业的盈利相关性低，企业的创新能力和积极性不足等不容乐观的现象。
调查时间范围在2000～2004年。在对化学药、中药、生物制剂等三类企业进行的抽样调查中，以销售排名前100名的企业为主，共有140家单位参加，其中国有（控股）企业43家，民营（控股）企业68家，外企（控股）28家。调查发现，大多数国有企业原料药、制剂及中药的生产比较平均，生物药则较少生产。民营企业生产中药和制剂的企业相对较多，原料药较少。外资企业以生产化学制剂为主。
在这次调查中，通过问卷方式对企业的专利意识进行了调查，具体内容及结果如下：
当开发一项具有新颖性和创新性的技术时，首先考虑申请专利的单位占68.2％。认为应该以商业秘密方式保护的占9.3％。
对企业来说，申请专利时的具体困难依次是：撰写权利要求时保护范围的确定，构建专利网多环节多层次地保护产品和申请专利时机的把握。
在专利研究过程中，企业认为的最重要措施是：加强对外合作，弥补技术不足，获得技术优势；加大人力、设备、经费的投入；严格的保密机制，确保技术不流失；完善的激励机制，明确奖罚制度。
对于专利所发挥的作用，企业认为最重要的是：获得市场垄断地位；以此保持产品技术的先进性的优势；有助于提升企业品牌、塑造企业形象、运用于市场推广；有别于竞争产品。
对于影响专利工作积极性的因素，企业认为主要的问题依次是：打击侵权不力；企业维权成本太高；投入到产出的周期太长、投入风险大；专利产品不一定能成为具有核心竞争力的产品。
对于专利的侵权，大多数企业会选择诉讼的方式来解决侵权问题，只是时间早晚的问题。对于涉及侵权专利的维权过程，企业认为实际问题依次是：取证困难；执行困难，打击侵权不力；诉讼过程很长，涉及的人力、物力太大。
对于政府在促进创新和专利工作方面的作用，从企业的角度认为最重要的内容依次是：加大对企业的创新投入；建立方便的专利查询系统；加大侵权打击力度；加强政策法规引导以培育一个成熟的专利市场体系；制定符合中国国情的知识产权保护条例；税收优惠政策；帮助企业培训专门从事医药专利工作的人才；加大宣传以提高目前行业内专利意识。
在调查的140家企业中，110家属国内制药企业，95％以上的企业属于化学药、中药、生物制剂等三类企业销售排名前100名的企业。这些企业具有相对强的实力，基本上可以反应我国制药企业的创新能力和现状，从中可以归纳如下：
企业的创新研究和专利人才严重缺乏。110家国内企业中，新品研究人员100人以上的单位只有13家，50－100人规模的10家；专利专职人员超过10人的企业共10家，没有专利专职人员的49家。
企业投入较高水平的创新严重不足，投入分散。药物的创新可以分为靶点、结构、工艺创新、制剂等等，靶点的创新属于真正的原创，主要来源于生命科学的基础研究。我国目前药物研究领域比较现实的是进行结构、工艺创新、制剂等创新。110家国内企业中有43家涉及到了结构创新的研究，39家只从事非创新项目的研究，28家没有进行任何研究。投资的创新项目和非创新项目的数比例约为1：7－10，平均每个项目的年研究经费小于200万。因此，尽管我国企业的研究投入较小，其中很大的一部分资金也还是投向了没有创新性的项目。