种蛋储存永远大头朝上。每周用消毒剂擦洗蛋房顶棚、墙壁和地面。蛋库天花板应距所储存的种蛋1.5米，应为蛋库连续不断地提供流动空气，种蛋储存时应避免气流直接吹向种蛋。储蛋间应配加湿器，并每周用消毒剂擦洗消毒。
种蛋一旦冒汗，细菌很容易侵入，入蛋前先将种蛋推到摄氏23~C的预温室内预温6～18小时，升温后的种蛋不得再推回蛋库。不要将尚且温暖的种蛋装箱，应在种蛋冷却12～24小时后再进行包装，以防种蛋出汗。蛋库中应备有准确的温度计和湿度计并每月至少校对一次确保其准确性，每天至少4次记录其温度和相对湿度;蛋库温度不可波动太大，不正确的湿度可造成种蛋出汗。
种蛋的储存时间愈长，所需的孵化时间愈长而且孵化率愈低。一般情况下，种蛋储存超过4天，每多储存一天，出雏时间就会推迟30分钟，孵化率降低1%。要达到最佳孵化率，50周龄以下的鸡所产种蛋储蛋时间为3～5天，50周龄以上，2～4天。正常情况下，储蛋间应保持在18℃，相对湿度75%～80%，如要延长种蛋储存时间，温度应略低一些。种蛋入库前应让其自然冷却1～2小时，根据储存时间来设定15～18℃的储存温度，储存时间短，温度设为18℃，相对湿度80%;超过6天时，设为15℃。预备储放7天以后才入孵的种蛋，必须先在蛋库内预冷6～8小时，然后将种蛋装入箱内或以塑料布覆盖打包将种蛋颠倒置放，使其大头朝下。大日龄的鸡群产的种蛋不耐储。
使用清洁灭菌、带有空调的车辆将种蛋运抵孵化厂。运输种蛋应轻拿轻放，车行速度应缓慢，尽量避免碎蛋出现，减少种蛋被污染。
