沙门氏菌污染是种鸡场要面临的一个问题，这是因为如果种蛋及其内容物受到沙门氏菌的污染，种蛋孵出的子代雏鸡、进而引入该雏鸡的鸡场存在到污染的可能性。
在过去一段时间中，沙门氏菌阳性种鸡群很可能将污染许多子代鸡群或鸡场，而且这种情况不只在一个国家出现。
需要指出的是，如果我们位居育种“金字塔”的顶端，也就是说处于曾祖代种鸡水平，沙门氏菌通过此金字塔向下垂直传播的后果可能会更加显著，因为更多的鸡群最终将受到污染。
常规筛查
此类种鸡群的沙门氏菌筛选应该常规化，以便在雏鸡孵出之前发现该鸡群的沙门氏菌流行率，进而从管理角度来决定对这些鸡群所要采取的措施。
站在育种金字塔越高的层次，鸡群一旦受到沙门氏菌污染将被淘汰的几率就越大。
如果鸡场不存在沙门氏菌污染，种蛋也将不会受到污染，那么与种蛋有关的控制措施也就不那么意义重大。然而，对随时使这些控制措施处于执行状态存在很强烈的争议，因为“明天又是新的一天”，且沙门氏菌广泛存在于周围环境中，能够随时侵染鸡群。
免疫接种可以减少鸡群的沙门氏菌排毒水平，因而可以减少其垂直传播。
然而，需要指出的是，如果沙门氏菌侵入免疫鸡群，则可能需要更长的实验室培养时间方才检测出来。这是因为疫苗会干扰血清检测，使它们在监测和检测方案中无效。
而对于自然感染沙门氏菌的种蛋，其干扰率则相对较低（1/000或1/10000），因此鸡群的早期检测也不是很容易的。在沙门氏菌已在鸡群中发生水平传播前，可能还没有检测出来。基于这一原因，我们更倾向于监测孵化场中的混合样本，而不是检测单个子代雏鸡。
那么，让我们现在来了解沙门氏菌是如何污染种蛋的。
如果母鸡肠道携带了沙门氏菌，而且该菌是侵袭型菌株，如鸡白痢沙门氏菌或者肠炎沙门氏菌，细菌会进入鸡的体内，并侵染生殖系统。母鸡也能通过污染的空气浮尘感染沙门氏菌。有证据表明，公鸡生殖道中也能发生沙门氏菌感染。
事实上，在种蛋产下前，沙门氏菌已侵入卵黄中，这是一个无法辩驳的事实。然而，最近有证据表明，在排卵后，沙门氏菌会被包入卵清蛋白的第一层中，随后固定在卵黄与卵蛋白接壤处。输卵管也能发生沙门氏菌污染。沙门氏菌也可能透过卵黄膜，进入卵黄中或停留在卵清中，在适当的时候，被发育中的胚胎吸收。有推测认为，卵黄中的营养物质可能会透过卵黄膜，供应邻近的沙门氏菌。
化学系统
在卵清和卵黄中有多种抑制沙门氏菌生长和繁殖的化学系统，其中包括溶菌酶系统。
如果母鸡肠道携带了沙门氏茵，由于其身体构造的不足，使蛋壳在产蛋前或产蛋过程中更容易受到沙门氏菌污染。其身体构造的不足是粪便和鸡蛋最终都从一个孔道——泄殖腔排出。因此，我们就不难发现鸡蛋壳的沙门氏菌是如何发生的。
在哺乳动物中，泄殖腔被分化成了阴道和直肠，二者独立分开，这就大大降低了后代被粪便中微生物感染的风险。在蛋产出过程中，蛋内容物的温度与母鸡体温相当，产出后开始变凉。
在变凉的过程中，鸡内容物开始收缩，蛋壳孔间隙上的微生物也往往会被吸人内容物中。
但是问题显而易见，种蛋需冷却，所以在种蛋产出时或产出后不久，任何能减少蛋壳表面微生物污染的措施都是极为有益的。
显然，我们对泄殖腔无法采取什么措施，所以我们应该将注意力放在鸡的肠内容物和产蛋箱巢穴的环境上。
对于预防肠道内环境的污染，这应首先要预防沙门氏菌侵入肠道，并利用可以减少肠道沙门氏菌数量的干扰措施（详见后续介绍）。
而对于产蛋箱巢穴的环境，应确保巢穴内的物品清洁卫生，以及尽量缩短种蛋在巢穴内的停留时间。集蛋员工的双手应定期消毒，在微生物学上地面蛋通常是最脏的，则应分开收集。
多种因素会影响沙门氏菌侵入蛋壳的能力，包括沙门氏菌数量、pH值、蛋壳的孔密度、湿度及蒸气压。
种蛋蛋壳的角质层和外膜能为种蛋提供一定的保护作用。当种蛋储存温度升高时，沙门氏菌侵入蛋壳的比例也随之上升，这也可能是沙门氏菌进人种蛋内之后快速繁殖引起的。
孵化期的条件有利于沙门氏菌的存活和繁殖。由于很多沙门氏菌血清型并不使胚胎致死，这也就解释了在孵化前和孵化后（通常80％～100％）采集的样本沙门氏菌流行率差异巨大的原因。
在种蛋破壳前采集胚胎样本，很少能发现沙门氏菌，但是在破壳后，15％～20％的雏鸡呈沙门氏菌检测阳性。
正确清洗种蛋可以减少种蛋表面沙门氏菌的数量，但是错误清洗方式，如浸泡式，或者喷雾清洗时错误的温度梯度（降低），因有利于微生物污染种蛋，可能会使污染情况显著加剧。
储存建议
20世纪90年代早期的研究表明，在种蛋储存温度较高时，沙门氏菌一旦侵入种蛋内（卵清），就能抵抗种蛋的防御机制，而在储存温度较低时这种情况不会发生。
由此得出建议，种蛋应储存在较低的温度下。需要注意的是，卵清蛋白对沙门氏菌生长的影响受其血清型决定，有些沙门氏菌血清型能在卵清蛋白中更好的存活。
因此，保持储存温度在推荐的水平也合乎逻辑，如果要延长孵化前的储存时间（大于7～10d），则可以适当的降低保存温度。
另一种垂直传播的途径是沙门氏菌停留在蛋壳上，成为雏鸡孵出后的污染源。
很显然，种蛋的消毒或熏蒸将可以除去种蛋表面的沙门氏菌，但是对于躲在粪便后的沙门氏菌，例如嵌在蛋壳孔隙中的粪便，会受到保护而使此类处理无效。
沙门氏菌会在出雏器中进行传播，有研究表明，在摆放人工感染沙门氏菌种蛋的托盘上方的或下方的托盘中，高达80％甚至更多的雏鸡可能会受到沙门氏菌的污染。
