目前，我国畜禽粪便堆肥化处理工艺有静态堆沤、条垛式堆肥、槽式堆肥和反应器堆肥4种。
静态堆沤指传统农业生产中的自然发酵，堆体底部可布置曝气系统，具有运行成本低、发酵周期长、占地面积大、产品质量不稳定等特点，在农村分散性有机废弃物处理中应用较多。
条垛式堆肥指将有机废弃物原料堆置成条垛型，发酵过程中利用自走式翻堆机对堆体进行翻抛，从而促进有机废弃物快速发酵的一种简易化堆肥处理技术，具有投资成本低、占地面积大、操作环境差、臭气不可控、发酵易受环境温度影响等特点，主要适用于中小规模养殖场废弃物处理。
槽式堆肥一般在密闭式发酵车间内进行，通过将有机废弃物原料堆置在发酵槽前端，利用槽式翻抛机移动物料，并在发酵槽底部布置曝气系统，使物料实现快速腐熟。槽式堆肥具有处理量大、发酵周期短、自动化程度高、臭气可收集处理、土建投资成本较高等特点，适用于大型规模养殖场废弃物集中处理。
反应器堆肥指将有机废弃物放置于一体化堆肥反应器内，通过曝气、搅拌等功能实现废弃物的快速发酵腐熟，具有处理量小、发酵周期短、处理效果好、一次性投资成本高等特点，主要适用于小型养殖场废弃物处理。
通常，堆肥产品可作为有机肥产品的基础原料，如果堆肥产品主要用于农场自身，则达到无害化要求、实现完全腐熟即可使用；如果堆肥产品用于加工商品有机肥产品，则应按照有机肥产品标准要求进一步加工生产。
