鸡场育种工作基本上都是按系谱孵化进行的，因为系谱孵化相对简单，而且能够保留鸡种，在孵化过程中只要做好系谱记录即可，详细内容请看下文介绍。
选种后每只中选公鸡要按一定的公母比例与中选母鸡组成家系亲本，公鸡均采用个体输精，以确保系谱的准确性。若种鸡为笼养，则需采取人工授精的方法；若种鸡平养，则常用育种小间繁殖，每个小间饲养一只公鸡及所有与配母鸡。
留种期间，每枚种蛋上都必须标明所属家系（父亲）及母鸡号（用铅笔标在蛋的两头），然后进行系谱孵化。系谱孵化的关键是出雏期，应将每个全同胞家系（每个母鸡）的种蛋集中到一个出雏笼或出雏袋内集中出雏，不同家系以及不同母鸡的种蛋必须彻底隔离开，只有这样才能搞清雏鸡的来源，保证个体标记及建立的系谱的准确性。当然，由于育种目标或育种阶段的不同，系谱孵化的标记内容和侧重点也应有所不同。
