我国口蹄疫疫情流行逐渐呈现非季节性，有多个毒株共同流行。具体来说，中国流行的O型口蹄疫包括有O型口蹄疫包括有：
1、CATHAY型(中国型)：该拓扑型中的疫苗株包括OR/80、OZK/93、OS/99/s及O/GX/09-7;
2、ME-SA型(中东-南亚型)：俗称泛亚型;
3、SEA型(东南亚型)：即缅甸98谱系，该拓扑型中的疫苗株包括Mya98/by/2011、O/XJ/10-11。
所以，猪场免疫口蹄疫疫苗，必须免疫的还是缅甸98型的疫苗，这是最重要的。由于A型口蹄疫为散发，目前农业部还没有批准猪用A型口蹄疫疫苗，商品化的仅仅为牛A型口蹄疫疫苗，国家口蹄疫参考实验室提醒：A型口蹄疫流行还不是很多。除了缅甸98，还可以免疫一些新毒株的疫苗。
对于A型口蹄疫，如果猪场确实要免疫A型口蹄疫疫苗，那么需要注意：现在A型口蹄疫疫苗是没有单苗的。目前都是“O+A”的疫苗。如果你已经免疫了O型疫苗，一定要注意好免疫程序，调整好，再去免疫“O+A”。不能出现前两天刚免疫了一个O型的口蹄疫疫苗，这两天又再免疫一个“O+A”疫苗，这样不但不会提高原来的抗体水平，反而可能会把原来的O型抗体抵销掉。国家口蹄疫参考实验室建议，如果周边压力大的话，可以紧急免疫O+A，但如果周边压力不是很大的话，还是慎重考虑。
当然，发生口蹄疫时，需用使用与中国流行毒株匹配的病毒型、亚型的灭活苗。使用疫苗的毒株，跟当地流行的越匹配，效果越好。预防口蹄疫，免疫还是最重要的途径之一。
口蹄疫疫苗的免疫次数
由于口蹄疫是灭活疫苗，灭活苗仅免疫一次，是没有效果的。所以进行首次免疫后，一定要做第二次免疫。首次免疫对于抗体的产生没有明显的积极作用，但它可以刺激免疫细胞，起到所谓的“预刺激”作用，并促使其产生口蹄疫特异的记忆细胞。在首次免疫4周左右后进行第二次免疫，此时由于第一次的预刺激会提高第二次的免疫反应。
根据所使用疫苗的质量，有时还需要进行第三次注射免疫。
猪口蹄疫的防控
口蹄疫疫苗只能阻断临床症状的出现，但不能阻止病毒进一步繁殖并形成持续感染。牛可带毒数年之久，猪不能持续感染，但排毒量非常大，给防控加大难度。
猪口蹄疫的免疫目前我国采用以免疫控制为主的策略，免疫是口蹄疫防控综合措施之一，免疫可以降低动物的易感性;有效的免疫可以降低动物之间病毒的传播;可以减少病毒的排放数量。
那么，如果发生了口蹄疫，应急免疫接种疫苗能否控制疫病的流行呢?试验表明，奶牛应急免疫接种效果是比较好的，其次是羊，猪的应急免疫接种效果最差，单纯依靠疫苗接种并不能消灭猪口蹄疫，但可以减少病毒的传播数量。猪群中暴发口蹄疫是否可以通过免疫来进行控制仍然有疑问。免疫不能防止传播，但可以延缓暴发。群体免疫保护率达到85%，可提供群体保护，保证口蹄疫不会发生大流行。
口蹄疫免疫可以减低发病次数，逐渐减少环境中病毒，但不会根除疫病，因此日常的生物安全措施对口蹄疫的防控尤其是猪口蹄疫防控是非常重要的。
