农户在给鸡舍消毒时可以用以下几种方法选择消毒药：
1.饮水用消毒剂的选择
鸡饮水质量的好坏，可直接或间接影响鸡群的生产性能，甚至诱发疾病。饮水消毒所用消毒药物要求对鸡只的肠道无腐蚀和刺激性，一般常选用的药物为卤素类，常用的有次氯酸钠、漂白粉、二氯异氰尿酸、二氧化氯等，定期在鸡饮水中添加消毒剂，有效地减少了疾病造成的损失。
2.喷雾用消毒剂的选择
喷雾消毒分两种情况，一种是对空置的鸡舍和鸡舍内的设备进行消毒，一般选择氢氧化钠、甲酚皂、过氧乙酸等。另一种是带鸡喷雾消毒，主要应用卤素类和刺激性较小的氧化剂类消毒剂，如双季铵盐—碘消毒液、聚维酮碘、过氧乙酸、二氧化氯等。
3.熏蒸用消毒剂的选择
一般选择高锰酸钾和甲醛，也可用环氧乙烷和聚甲醛，可根据情况进行选择。
4.浸泡用消毒剂的选择
一般选用对用具腐蚀性小的消毒药物，卤素类是其首选，也可用酚类进行消毒。浸泡消毒的对象是饲槽、饮水器、蛋盘、粪板等，消毒液需新配制，时间数小时，不得少于30分钟。对于门前消毒池，建议用3%~5%的烧碱溶液消毒。