动物体色氨酸代谢的色氨酸有两个来源：一个是组织蛋白质分解的内源氨基酸，约占2/3;另外一个是从日粮中消化吸收的外源性氨基酸，约占1/3。色氨酸代谢途径也有两个：一个是合成组织蛋白质，另一个则是分解代谢。色氨酸的吸收半周期为1.73h，清除半周期为0.73～0.74h，其生物利用率为76%。
5-羟色胺 色氨酸经氧化脱核后可转变为5-羟色胺，主要存在于脑组织、胃肠壁中，血液中含量较少。5-羟色胺的生理作用是使微血管收缩和血压升高，亦有作为神经递质、中和肾上腺素和去甲肾上腺素等作用。当色氨酸代谢失调时，可引起神经系统的功能障碍。
烟酸 色氨酸经氧化可转变为烟酸，它是合成 NAD和 NADP的前体，NAD和 NADP是不需氧的脱氢酶的辅酶，参与体内氧化还原反应。在人和动物体内，色氨酸可转化为烟酸，不同品种动物、不同生长阶段转化率有所不同。雏鸡转化率为45：1，种母鸡转化率为187：1;反刍动物可把50mg色氨酸转化成lmg烟酸。在种蛋内烟酸胺含量为 0.73mg/kg时，转化率可达18：1。在一定范围内，种蛋内较高的烟酸胺含量对色氨酸-烟酰胺转化有一定的诱导作用。
日粮中烟酸水平会直接影响蛋中的烟酸量。当色氨酸向烟酸的转化量减少时，糖原的分解速度减慢，腺苷酸环化酶的活性受到抑制，但磷酸二酯酶的活性却提高了(Shibata，1995)。当饲喂色氨酸与烟酸缺乏的日粮时，动物生长会受到抑制，补加其中任何一种都会改善动物的生长状况并可使尼克酸的缺乏症状消失。
