对饮用水进行消毒处理，也是从源头上控制污染，预防肠道传染病流行的重要措施。饮用水消毒方法主要有煮沸消毒法和药物消毒法。
煮沸消毒方法简便易行效果可靠，生水经煮沸5分钟左右，水中的病原微生物可大部杀死，有条件的单位应尽量饮凉开水或深井水，尽量不饮地面水，坑、塘死水，污水。
漂白粉消毒法是当前广泛采用的生水饮水消毒法。把100升水倒入水缸中加漂白粉1克（含有效氯0.2克），用干净棒搅后半小时即可使用。如往水井、水塔、水罐中加漂白粉，可按每1立方米水量加漂白粉8克计算，消毒30分钟即可使用。此外，也可用高锰酸钾或其他消毒药进行消毒处理，确保水质安全。水线长时间不清理会积累大量的水垢，而水垢里面也会藏下众多的大肠杆菌，使家禽极易感染大肠杆菌病，因此应该定期使用酸歪歪对水线进行清理。
