本病一年四季均可发生，主要发生在秋冬季节。肉鸡多发。其发病过程一般分三个阶段。
第一阶段：由于鸡舍消毒不彻底、空棚时间短、不同日龄混养、或苗鸡质量差等原因而导致鸡舍内存在着大量的败毒支原体、大肠杆菌、各种病毒等感染源，这时在外部应激（如接种疫苗，天气突变等）情况下可最先诱发慢呼病（CRD）。一般发病日龄在第一次免疫接种后二天左右。表现为轻微咳嗽，打喷嚏和呼噜音，采食影响不太，死亡少，解剖有轻微的气囊炎。
第二阶段：由于第一阶段的慢呼治疗不及时或不重视治疗而使鸡的抵抗力下降，同时随着日龄增长，饲养环境变差，管理不好而并发大肠杆菌病。表现为慢呼大肠杆菌综合症（CCRD），气囊浑浊，咳嗽，喷嚏和呼吸罗音，患病严重的有包肝、包心等症状，死亡增加。很多情况下，支原体病和大肠杆菌病往往同时发生，也就是说第一、第二阶段往往同时发生。
第三阶段：鸡群发生慢呼大肠杆菌综合症的同时，随着鸡群日龄的增长，饲养环境也越来越恶劣；饲养管理难度的增加；环境中各种病毒野毒株的大量存在和繁殖；免疫抑制病的发生；免疫效果不佳导致的非典型病毒病的发生，如果这些致病因素中的一种或多种并发就可以形成慢呼、大肠杆菌、新城疫（或传支、感冒等病毒病）混合感染的呼吸道综合症（MRD）。表现为死亡增加，病情加重，带来较大损失。在实际发病时，发病的过程可能三个阶段不会分的很明显，有可能直接发生第二阶段或第三阶段，这就要求在诊断时根据实际发病情况具体分析，做出正确的判断，合理的用药。
