法氏囊位于鸡的泄殖腔后上方。在胚胎期间，法氏囊从鸡胚卵黄发育分化而来，囊内充满淋巴组织。雏鸡大约在21日龄以前，来自卵黄的淋巴干细胞在法氏囊诱导分化为成熟的B细胞，然后经淋巴和血液循环迁移到骨髓，脾脏，哈德尔氏腺及其他外周淋巴器官，对外周淋巴器官的发育起支配和决定作用。
鸡法氏囊的另一个功能是可作为外周淋巴器官捕捉抗原和合成某些抗体。
在法氏囊内成熟B淋巴细胞向外周免疫器官迁移过程中，若法氏囊受到损伤，外周淋巴器官的发育将受到影响，内部的B细胞数量减少，机体免疫功能下降——免疫抑制。鸡群表现对各种疫苗的免疫应答能力差，对各种病原体的易感性增加。
另一方面，鸡法氏囊受到损伤，其本省捕捉抗原和合成某些抗体的能力也相应下降，鸡群表现免疫抑制。
免疫抑制的轻重取决于法氏囊损伤的严重程度。通常，鸡法氏囊病毒感染鸡的日龄越大，法氏囊损伤越轻，导致的免疫抑制也越轻，出现可修复的暂时性免疫抑制；法氏囊病毒感染鸡的日龄越小，法氏囊损伤越严重，导致的免疫抑制也越严重，甚至出现不可修复的永久性免疫抑制。
肉仔鸡大约以21日龄为界，鸡群在21日龄之后感染法氏囊炎病毒，免疫抑制现象较轻，或出现一过性免疫抑制；鸡群在21日龄之前感染，免疫抑制现象比较严重，或出现永久性性免疫抑制。
免疫抑制的轻重还取决于所感染法氏囊炎病毒的毒力。毒力越弱所导致的免疫抑制越轻微，毒力越强免疫抑制越严重。
传染性法氏囊炎弱毒疫苗残留毒力强时，也会引发免疫鸡群出现免疫抑制。
当鸡群处于免疫抑制状态时，鸡群对疫苗的免疫应答反应差，对禽流感、新城疫、大肠杆菌、慢性呼吸道疾病、坏死性皮炎、葡萄球菌等多种疫病的易感性增加，容易导致疫病暴发流行。
