蛋白质是生物发育最基本的营养成分，是形成胚胎组织器官的主要营养物质，是禽蛋干物质中相对比例最大的化学成分。在孵化期间蛋白质是动态平衡的，蛋内的蛋白质约47%存在于蛋白，53%存在于蛋黄。蛋内的氮有多种存在形式，蛋白质、尿素氮、氨。蛋白质含量的变化反映生长发育的需要，尿素氮含量则反映机体的营养状况，是侧面反映蛋白质代谢水平的指标。
1 粗蛋白
孵化初期胚胎发育缓慢，蛋白中粗蛋白含量较高，此时由于胚胎发育的主要能源物质是碳水化合物，所以蛋白中粗蛋白变化相对稳定。孵化中期粗蛋白含量增加，约14胚龄达到最大值，可能是粗脂肪代谢旺盛导致。蛋黄中粗蛋白含量时高时低，说明是胚胎在利用蛋黄中营养物质时并不是单一的，而是不断变化的。粗蛋白的减少促进了羽毛、喙等形成以及骨骼的硬化，在出雏时蛋黄中粗蛋白含量约为入孵前的2倍，究其原因可能是胚胎利用脂肪等营养物质速度比蛋白质快。
胚胎中的粗蛋白含量与胚龄呈现负相关。生长发育后期，胚胎粗蛋白含量以降低为主，粗脂肪含量不断增加；这是由于胚胎各器官形成后，躯干等部位得到优先快速增长导致的。胚胎发育过程中，由于胚体吸收利用的结果，使得蛋黄、蛋清中的蛋白质含量总体表现为下降趋势。然而又有起伏波动现象，可能与其中水含量变化有关。
2 蛋白质代谢产物
蛋白质的代谢产物在不同的发育阶段有所不同，发育的前7d，蛋白质代谢产物主要是氨和尿素，以后主要是尿酸盐。肌酸和肌酸酐的含量随胚胎发育而增加。12胚龄胚胎消化系统发育完全，可吞食蛋白，但这种吞食对蛋白质的利用效率不高，这也许与后期蛋白质数量大、质量有所下降有关，还与一些氨、酶和脂肪等有关。发育后期尿素氮骤然升高，说明胚胎吸收蛋白质的量增加，但是代谢水平降低；也说明尿酸中尿素氮浓缩物含量高。
