肌腺胃炎主要与饲养环境温度高、湿度大有关；在病原方面与种源垂直传播、免疫抑制、霉菌毒素感染等有关。
1.在高温高湿应激环境下，内分泌系统产生大量糖皮质激素对免疫细胞具有抑制作用。
2.种源垂直传播（免疫抑制病）引起鸡苗体质差，免疫力低下。
3.霉菌毒素引起法氏囊、胸腺和脾脏等免疫器官萎缩，诱发免疫抑制，对肝肾有一定损伤。
4.H9、IBV、NDV、IBDV处于潜伏感染引起机体免疫力低下、在防疫时易引起发病，同时出现肌腺胃炎病症。
5.饲料营养物不平衡、日粮的生物胺过多、玉米中缺少微量元素硒等。
首先，在上述各种因素作用下，使得免疫系统功能低下，免疫系统可通过“免疫一神经一内分泌”系统三者网络关系影响神经、内分泌系统功能；
进而，因交感神经和内分泌系统对消化系统调节密切相关，从而造成消化液分泌差、胃肠道动力不足，营养吸收不良，肠道菌群紊乱，厌氧梭状芽孢杆菌及埃希氏菌菌群细菌数量增加。
最终，在有害菌群作用下，氨基酸被脱羧基形成生物胺，生物胺增多促进胃酸开始增多，同时大量幽门螺旋杆菌滋生，进而使肌胃发生溃疡、龟裂，腺胃肿胀，消化不良，伴随肠道病症。
结果，导致鸡群采食量低下、粪便状态差、料肉比高，如果继发感染，死亡率会上升。
