多年来《中药学》教材及《中华本草》等重要工具书里，关于中药功效的陈述约定俗成了一个基本模式：性味、归经、功效、应用。如对麻黄功能与主治的表述，基本上都只强调其发汗解表、宣肺平喘、利水消肿的功能，主治风寒表实证、风寒咳喘及风邪水肿、风湿痹痛、风疹瘙痒等。而对其为何具有这些作用，却没有从中医药理论自身做出回答。
这种现象，不只今天如此，古代亦然。《神农本草经疏?凡例》云：“《本经》为‘三坟’之书，后增入《名医别录》，有朱字墨字之分，总言药之主治，从未有发其所以然者。”《本草备要?原序》云：“本草第言治某病某病，而不明所以主治之由；医方第云用某药某药，而不明所以当用之理。千书一律，开卷茫如，即间有辨析病源，训解药性者，率说焉而不详，语焉而不畅，医理虽云深造，文字多欠通明，难以豁观者之心目。”《本草备要?凡例》云：“《本草》一书，读之率欲睡欲卧，以每药之下，所注者不过脏腑、经络、甘酸苦涩、寒热温平、升降浮沉、病候、主治而已。未尝阐发其理，使读之者有义昧可咀嚼也。即如《证类》诸本，采集岐黄，又以众说繁芜，观者罔所折衷也。”
其原因并不象缪希雍所云：“‘三坟’之书，言大道也。言其然，而不言其所以然。”实际上却是因为在历史上一段相当长的时间内，医药卜筮同属九流，甚至被斥为奇技淫巧、屠龙之术。宋代以后，大批儒士加入医生行列，医学才逐渐成为被儒家认同的学问体系?D?D格物穷理之一端。自此以后，才出现了一大批被谢观先生称为“新派”的探讨中药作用原理的著作，如《神农本草经疏》、《神农本草经百种录》、《本草经疏证》、《本草求真》、《本草备要》、《本草从新》等。
《神农本草经百种录》对中药功效的由来，有一段精辟的说明：“凡药之用，或取其气，或取其味，或取其色，或取其形，或取其质，或取其性情，或取其所生之时，或取其所成之地，各以其所偏胜而即资之疗疾，故能补偏救弊，调和脏腑。深求其理，可自得之。”并在开篇所解的几味药中，用心良苦地作了示范。如在丹砂下云：“此因其色与质以知其效者。丹砂正赤，为纯阳之色。心属火，色赤，故能入心，而统治心经之证。其质重，故又有镇坠气血之能也。”在石钟乳下曰：“此以形为治。石为土中之金，钟乳石液所凝，乃金之液也，故其功专于补肺。以其下垂，故能下气。以其中空，故能通窍。又肺朝百脉，肺气利则无所不利矣。自唐以前，多以钟乳为服食之药，以其能直达肾经，骤长阳气，合诸补肾之品，用以房中之术最效。”
运用这种格物求理的方法探讨中药功效者，不止徐大椿一人。清?王琦在为付梓《本草崇原》所作的跋中说道：“学者体认先圣格物致知之学，则自《别录》以下，及唐宋元明增补药性，品类虽繁，莫不各有当然之理，即以参解《本经》之义，触类引申，总归五运六气以诠解，得其纲领，无不贯通，若舍此而从事于诸家之治验，则散漫多歧，益难启悟，是为逐末忘本。”
虽然灵胎先生反复强调“因形以求理，则其效可知矣。”“形同而性亦近，物理盖可推矣。”“知此理，则凡药皆可类推矣。”但是，利用药物的气、味、色、形、质、性情、时地等表象，要想推知全部中物的各种作用，也是不可能的。对此，先生也早有觉悟。“凡药性有专长，此在可解不可解之间，虽圣人亦必试验而后知之。如菟丝之去面黑干，亦其一端也。以其辛散耶，则辛散之药甚多；以其滑泽耶，则滑泽之物亦甚多，何以他药皆不能去而独菟丝能之？盖物之生，各得天地一偏之气，故其性自有相制之理。但显于形质气味者，可以推测而知，其深藏于性中者，不可以常理求也。故古人有单方及秘方，往往以一二种药治一病而得奇中。及视其方，皆不若经方之必有经络奇偶配合之道，而效反神速者，皆得其药之专能也。药中如此者极多，可以类推。”
今天，由于原始文献的记述极为简单，加之我们的思维方式已经习惯于沿着科学的轨迹去思考问题，不可能全然深入到古人的思维境地之中，因此，要逐一推敲每种药物功效建立过程中的思维过程与原理，显然是不可能的。但是，如果我们从现存本草书籍中所遗留的众多蛛丝马迹之类的线索出发，深入探讨，举一反三，触类旁通，建立和重构中药的作用原理，也是不无可能的。正如徐大椿所言：“药之受气于天地，各有专能，故所治各不同。于形质气味细察而详分之，必有一定之理也。”
在当今时代，探讨并还原中药的传统作用原理，具有十分重要的理论价值和现实指导意义。正是由于我们几十年来，从中医药理论自身出发对中药传统作用原理阐发研究工作的阙如，才导致了“以现代科学的观点和方法来验证和解释中药作用原理”这一思路的长期盛行；也难怪从小接受的完全是西方式思维教育的新一代中医临床思维方式的“西医化”。因为他们如不引用所谓中药现代研究的结论来论证中药的治病原理，别无选择。
综上所述，中药传统作用原理这块处女地的研究，既需要有一支具有较强的现代科学素养并有深厚的中国传统文化功底，有志于中医药研究，淡于功名，孜孜以求的中医药队伍，更需仰赖国家政策的倾斜、扶持以及观念上的变革。