影响消毒效果的主要因素
1.处理剂量：作为消毒处理的剂量，包含有两个因素，一是浓度，二是时间。一般是浓度越高，微生物越易死亡；时间越长，微生物遭到杀灭的几率也越大。二者是相互关联的，在实际消毒中，必须明确处理所需的浓度与时间。
2.微生物污染程度：微生物污染越严重，消毒就越困难。
3.温度：一般来说，无论是在物理消毒或化学消毒中，温度越高效果越好。
4.湿度：空气的相对湿度对熏蒸消毒影响显著，使用甲醛消毒须有一个最适相对湿度，过高过低都会减低杀灭微生物的效果。
5.酸碱度：酸碱度的变化可严重影响消毒剂的作用。例如季铵盐类化合物在碱性溶液中作用较大，而酚类在酸性溶液中效果较好。
6.化学拮抗物质：有机物等污物的存在，极大的影响消毒剂的效果，尤其是卤素类、季铵盐类等的消毒剂。因此，一般条件允许的话，均应将污物清洗后才进行消毒，效果更好。
7.穿透条件：进行消毒时，消毒因素必须接触到微生物本身才能起杀灭作用，不同因素，穿透能力不同。所以消毒时，除要保证有足够的穿透时间外，还需为消毒作用的穿透创造条件。
8.表面张力：消毒药表面张力降低有利于药物接触微生物而促进杀灭作用。为增进消毒效果，可选用表面张力低的溶剂配制消毒液或在消毒液中加入表面活性剂以降低溶液的表面张力。
制定适宜的消毒管理制度
1.门口的消毒：主要的消毒对象为经常进出的工作人员、来宾以及车辆等。在进入畜舍的出入口处应设立更衣室，更衣、换鞋，并有消毒池，经常放置3%-5%的烧碱水或酚类的新鲜消毒液，另备有两性消毒液或次氯酸钠的洗手盆一个，每天更换。
2.畜舍的消毒：畜舍的消毒必须制度化，需有人监督核实执行。
(1)定期消毒：每周定期消毒1-2次，消毒的时候，畜舍应先进行全面清洗后再消毒。适合于舍内消毒的消毒剂主要有有机酸、卤素类和过氧化物类消毒剂。
(2)全进全出制度：就是在全舍的畜禽全部移走后，将空出的栏舍进行彻底的清洗、干燥、消毒与短期的间隔，干燥后再进行喷雾消毒一次，才进养畜禽，这种方法对病原的清除以及疾病的控制，效果佳。如果密闭的畜舍，可使用醛类作熏蒸消毒，效果更为理想。
3.环境卫生的整顿与消毒：养殖场内外环境的整顿与维护，也会直接或间接地影响到畜禽的健康，如排放粪尿的大小沟渠应及时排通，污水处理设施中的蓄粪池应给予加盖，并时常清理消毒，畜舍周围杂草的清除与消毒，都可以减少蚊蝇及其它昆虫的滋生。
