由于肉鸡所特有的气囊结构，使鸡的呼吸系统可以说是从鼻到肺、至腹腔脏器、至骨骼及相关组织的“开放”系统。这样的结构易于发生呼吸道感染，并且呼吸系统的感染很容易扩散至鸡腹腔脏器甚至全身。发病原因肉鸡呼吸道疾病不是单一的疾病，它是一系列疾病的统称。
引起呼吸系统疾病的重要因素有：病原性细菌、病毒、支原体、衣原体、真菌、寄生虫、中毒和营养代谢等。疾病商品鸡支原体没有达到净化，支原体感染引起的慢性呼吸道病就易发生。雏鸡白痢性肺炎，造成鸡咳嗽、甩鼻发生较多。大肠杆菌引起的气囊炎是肉鸡呼吸道病发生的主要原因。ND、IB、IBD也出现严重的呼吸道症状。
另外，有支原体、大肠杆菌、与ND、IB、IBD混发引起的呼吸道病，会引起严重的气囊炎和气管阻塞，使鸡窒息死亡。疫苗免疫在做ND免疫时，养殖户基本使用Lasota苗，在做IB免疫时使用H120。这两种毒株都是嗜呼吸道型，活的毒株在鸡体内(气管黏膜)复制，引起气管黏膜细胞脱落，出现“可逆性”的呼吸道反应，健康鸡出现后3天~5天自然恢复。但是肉鸡接种ND和IB后，与自身支原体、大肠杆菌混合感染，会出现严重的呼吸道症状，这也是肉鸡常发呼吸道病的原因之一。
在做IBD免疫后，会使鸡的抗体应答产生负面影响，降低了对ND、IB、支原体等的抵抗力。尤其是使用中等偏强的IBD苗后，对ND抗体产生的干扰作用很大。有的养殖户长期使用中等偏强的IBD苗，致使呼吸道疾病长期得不到控制。不当的疫苗接种方法如很小微粒的喷雾免疫和气溶胶免疫都可使疫苗反应加重。
日常管理鸡舍温度不稳定是各种疾病发生的最关键因素；鸡舍通风不良，氨气和硫化氢浓度高等因素均会损伤上呼吸道系统结构的完整性，进而引起呼吸系统疾病。舍内湿度小、空气干燥、空气中的尘埃过多也是造成呼吸道病的诱发因素。
