无论是蛋鸡还是肉鸡，普遍存在一个“过料”的问题，使用治疗肠毒的药物有一定的效果，但是往往停药即复发，严重影响生产性能和料肉比。其实“过料”的“元凶”就是小肠球虫；“帮凶”就是厌氧菌。
小肠球虫的发病原因：
1、小肠球虫的感染：
由于小肠球虫在肠粘膜上大量生长繁殖，导致肠粘膜增厚，严重脱落及出血等病变，几乎使饲料不能消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起蛋鸡粪便稀薄、带有未消化的饲料的原因之一。是产蛋率因饲料吸收不良出现下降的原因，也是蛋壳色泽变陈旧的因素之一。
2、肠道内循环的变化：
在小肠球虫感染的过程中，小肠球虫在肠粘膜细胞里快速裂殖生殖，因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧，导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使得鸡肠道内PH值严重降低。由于肠道PH 值的改变，肠道菌群发生改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏菌、产气荚膜杆菌等趁机大量繁殖，球虫与有害菌相互协同，增强了致病性。肠道内容物PH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良，另外，PH值的下降，会刺激肠道粘膜，使肠的蠕动加快加强、消化液排出增多，饲料通过消化道的时间缩短，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与没消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便略带浅黄色的。
3、自体中毒：
在发病过程中，大量的肠上皮细胞破裂，在细菌的作用下发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生大量有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现产蛋下降，部分鸡先兴奋不安，后瘫软昏迷衰竭死亡的情况。
临床一些症状：
产蛋率升的很慢或到一定的产蛋率后就不升，一部分鸡群虽然产蛋率超过90 %，过15--30天就出现猛然下滑。 粪便呈现拉稀较多，有的鸡群并不拉稀，粪便相对很干燥的，但粪便很短、小、细；拉稀的鸡群粪便主要表现消化不良，有的鸡拉手掌大小的灰白色奶样稀便，有的像一堆豆皮样的粪便，内有很多没消化的饲料；有的鸡群就不出现肉样或西红柿样的粪便，所以最易造成误诊。病鸡出现采食减少、吃料慢、料槽有剩料，有闭眼但精神很好的鸡只，这对诊断很重要。
一般剖检可见：
肠管肥厚、变粗、扩张，肠管中有凝固的血块，小肠外观呈现淡红色或黄色； 被损害的十二指肠和小肠前段出现大量淡灰色斑点，排列成横行，外观呈阶梯状；有时肠壁上出现针头大小的红色圆形出血点，临床常表现出小肠一段粗一段细，很明显。肠道粘膜严重脱落，肠道内有一定量黄白色的渗出物，有的粘膜上有梯状排列横纹。很大部分的从小肠浆膜就看不到圆形的白色和红色的坏死点的症状，但是个别有的病例还是可以看到的。
临床治疗方法：
肉鸡可以使用磺胺类药物治疗球虫，蛋鸡最好使用纯中药的药物治疗球虫；厌氧菌可以使用甲硝唑或林可霉素治疗。同时配合维生素K3和维生素A效果会更好。另外还应该加强环境管理与消毒。
