鸡球虫病多由艾美耳科的球虫引起，其中盲肠球虫（柔嫩艾美耳球虫）和小肠球虫（毒害艾美耳球虫）较为常见。对鸡球虫病可以采取以下方法进行确诊。
一、鸡舍是否潮湿：鸡球虫的卵囊在潮湿的环境下会加速对鸡群的感染和传播。特别是连续阴雨天时，垫料又潮湿，经常容易爆发球虫病。所以预防球虫病首先要保持鸡舍的干燥。
二、垫料上是否有血便：不管是盲肠球虫还是小肠球虫都会拉血便，一般盲肠球虫拉的血便是鲜血，鲜红色，鸡肛门上有时会有鲜血痕迹。小肠球虫拉的血便是暗红色，有时酱红色。因为球虫会造成肠道出血，所以感染球虫的鸡子大多会缺血，外观上表现是鸡冠发白、发黄无血。（注意要把鸡球虫病和鸡坏死性肠炎区分开）。
三、解剖感染病鸡：要区分鸡球虫病是盲肠球虫还是小肠球虫，最直接的方法是解剖感染鸡球虫病的病鸡，盲肠球虫病，盲肠肿大充满血液或血块。小肠球虫是小肠或十二指肠肿胀充血，外表有大量出血点。
预防和治疗鸡球虫病，首先要保持鸡舍或垫料干燥。其次定期对鸡舍垫料进行消毒，鸡舍放场可用生石灰消毒，（特别是阴雨天后的鸡舍放场）。再三对鸡球虫病易发期18天至48天可用药物预防，在选取药物时要注意鸡球虫对鸡球虫药的耐药性的产生和鸡球虫药对鸡的毒副作用。
