一枚种蛋孕育着一个生命，生命必须在适宜的条件下才能生存，因此，孵化过程中种蛋的管理对整个环节影响重大。
种蛋的熏蒸，种禽企业应有一套严格的熏蒸制度，从种蛋的产出到出雏的过程，要经历多次熏蒸（鸡场入库、孵化场入库、入孵、落盘、出雏等），但种蛋只能有一次3倍量熏蒸，其他为2倍量或1倍量，每次熏蒸时间为20分钟，之后通风。注意种蛋熏蒸通风后，待甲醛味散尽，方能将种蛋推进蛋库，万不可使蛋库长久的留有甲醛气体。种鸡场和孵化场切记这一点。种蛋的保存应该注意蛋库有空调措施，可根据时间长短调节温度的高低，正常保存9天以内的温度在15～18℃，湿度75%～80%;保存在10～16天，温度14℃，湿度80%;保存17天以上，温度12℃，湿度85%。蛋库要定期清扫、消毒、通风，库内温度切不可忽高忽低，否则胚胎的活力会变弱。对于种蛋数量大且品种多的孵化场，应设专人管理，严格按生产日期先后入孵。入孵前先将种蛋推出蛋库预热4～8小时，这样会使胚胎对温度有个适应过程，并且孵化机不会升温太慢。预热对于北方冬季环境温度较低的特点很重要，种鸡场和孵化场都应注意这一点。
种蛋的运输问题，如果种鸡场和孵化场在一起，运输能较好控制，但如两者相隔较远，则要考虑这个问题。冬季，拉蛋车要有供热设施，否则运输温度过低 （北方的冬季）会造成胚胎发育中止，并且拉到孵化场后种蛋会"出汗"，易使种蛋受污染。夏季，拉蛋最好避开中午气温最高时候，尽量在上午10∶00以前或傍晚后太阳落山时拉蛋。公司应统筹安排，合理安排车辆。种蛋运输过程中要避免颠簸，对司机要制定考核制度以加强其责任心。
