好的孵化蛋主要是从以下几个方面来判断，包括蛋的形状、蛋壳、蛋清和卵黄等。
蛋的形状，一个质量好的孵化蛋具有一个含小气室的钝端以及清晰可识别的尖端。太多畸形或奇形怪状的蛋表明母鸡的蛋壳腺不成熟、此蛋由青年父母代鸡所产、或鸡有病、受到应激以及鸡群过分拥挤。
蛋壳，高质量的孵化蛋的蛋壳是光滑的，没有皱纹或蛋壳表面没有钙化物质的堆积。同一批蛋的颜色应该是一致的。青年父母代鸡所产的蛋蛋壳较厚，随着鸡群日龄的增长，蛋壳会逐渐变薄且畸形蛋壳的发生率也增加。饲料中钙或维生素D3含量不足产出的蛋蛋壳也较薄。盐水饮用不足以及高水平氯也会导致蛋壳问题发生。畸形白色、厚壳蛋可能说明鸡群存在各种疾病（IB、NCD、EDS）。蛋清和卵黄，高质量的孵化蛋含有较高比例的厚的、粘稠的蛋清。蛋清会随着鸡群日龄增长和储藏时间而变稀。高质量的蛋清是半透明的，有绿色的或黄色的投影表明含核黄素。肉斑或血斑说明鸡群存在应激或者过分拥挤。卵黄的大小随着鸡群日龄的增加而增加，因此卵黄/蛋清的比例也增加。在质量好的孵化蛋中，卵黄具有一致的颜色没有任何血斑或者肉斑。卵黄有杂色说明鸡群存在应激。胚胎浮在卵黄的顶部。在未孵化的鸡雏的种蛋中，胚胎看起来类似于油炸饼圈的不透明的环，具有半透明的中心。高质量的胚胎直径为3-5mm。
建议在优化孵化所经济时不要认为蛋的质量是理所当然的。使用专门的蛋质量表来记录孵化场接受的每批蛋的质量。记录质量良好的蛋的数量以及每批蛋中没有满足需要标准的蛋的数量。采取最少10个蛋的样本用于记录胚胎、蛋清和卵黄的质量。与蛋供应商放开交流质量相关问题，共同改善和维持蛋的质量。
