消毒是为了杀灭外界环境中的病原微生物，从而切断疫病的传播途径，达到防疫的目的。消毒对控制猪场疫病的发生具有重要的意义。
一、饲养场出入口要设立消毒池和消毒室，消毒池的面积以能通过大卡车为宜，加入消毒液的深度以侵湿汽车轮胎一周为度，及时添加药液，每周换液一次。消毒室设人行道，地面铺上草袋，淋洒消毒液，保持湿润，供过往行人鞋底消毒，空中进行雾化消毒，确保对进入场区的人和物进行彻底的消毒。
二、猪舍彻底清扫粪便、垃圾、残草剩料集中堆积发酵或倒入沼气池中。猪舍自上而下，从里到外，全面喷雾消毒，顶棚、墙壁以滴水为度，地面（包括通道、运动场和周围空地）喷洒消毒，以浸湿为度。正常猪舍做到每周一至二次；污染猪舍做到隔日消毒，且消毒液浓度加倍，食槽和饲养用具洗刷后每天消毒一次。
三、出入猪舍要更衣换鞋，通过猪舍工作区内消毒池，认真消毒胶鞋，双手浸泡在0.1%柠檬酸制剂中1—2分钟，方可入舍工作。
四、养殖场环境、道路、房舍、饲料加工场所等地每月消毒一次。如有发病要每日消毒，且消毒液浓度加倍。
五、污染的场地、病死猪及污染的运输工具用双倍浓度消毒液喷洒消毒。病死猪要深埋无害化处理。
