绿头野鸭的内分泌系统由许多分泌激素的腺体组成。内分泌腺包括垂体、松果体、甲状腺、甲状旁腺、肾上腺、胰腺的胰岛、睾丸、卵巢、胃肠道和脑所产生的激素和腮后体等。
垂体：位于脑底部。垂体分前叶和后叶两部分。前叶由腺组织组成，称腺垂体；后叶由神经系统所组成，称神经垂体。垂体前叶所产生的激素，可以调节其他内分泌系统。垂体前叶还分泌生长激素，以调节野鸭的生长。
甲状腺：呈圆形，紫红色，成对位于胸腔入口处气管两旁，颈静脉内侧，最后一叶胸腺的后方。腺体大小随季节、环境温度、营养、年龄及机能状态等有很大差异。甲状腺影响绿头野鸭的代谢率、羽毛生长和羽毛颜色。
甲状旁腺：每侧有两个，位于甲状腺后端附近，大小随日粮中维生素D 或紫外线的有无、多少而有所变化。若缺乏时，则腺体增大。尤其是日粮中的钙，对其影响较敏感。当高钙和可利用磷不足，禁食，可使腺体缩小。另外，雌性激素也能使腺体肥大。甲状旁腺的功能是保持钙在体内的平衡。它对蛋壳的形成、肌肉的收缩、血液的凝固、酶系统、组织的钙化均很重要。
腮后腺：为成对器官，稍呈椭圆形而微突，其形状不很规则，1～3 毫米长，粉红。
肾上腺：是成对的卵圆形器官，雄鸭的肾上腺与附睾相连。
雌鸭左肾上腺与卵巢相接。鸭的皮质酮的分泌率为每公斤体重每分钟2.43 微克。在寒冷、禁水、捕捉等逆境状况下都能使血浆皮质酮浓度增加。但切除垂体的鸭，在寒冷的应激状态下，血浆皮质酮水平不变。
